A Baia da Babitonga sofre efeitos de poluição antropogênica de seis municípios eminentemente agrícolas e industriais que a cercam: Araquari, Barra do Sul, Garuva, Itapoá, Joinville e São Francisco do Sul. A este fato, somam-se doses diárias significativas de radiação solar ultravioleta (UV), que influenciam a dinâmica dos produtores primários, como o fitoplâncton. A radiação UV é um dos fatores ambientais mais importantes para os produtores primários terrestres e aquáticos de biomassa. Os organismos que compõem o plâncton vivem nas camadas superiores dos oceanos, onde buscam radiação solar suficiente para seus processos de fotossíntese e podem ser severamente afetados por um intenso nível de UV. Análises realizadas em amostras desses organismos, coletados no interior na Baia, mostraram forte dependência da intensidade da UV e do ângulo solar. Os testes consistiram da verificação da migração vertical diurna, através de contagem de organismos existentes em uma coluna de água, inoculada com as amostras. A intensidade da radiação solar ultravioleta, incidente na Baía durante o experimento, foi monitorada por um dosímetro ELDONET. Em ecotoxicologia, o objetivo de biotestes, como ferramenta de análise, é prover informações relevantes dos efeitos químicos originados por atividades humanas em ecossistemas. Bioensaios tem como base a resposta de organismos vivos a estímulos, como a exposição a certas toxinas, que causam alterações em seus parâmetros de movimento. A análise dessas alterações é o princípio dos bioensaios, que podem ser perfeitamente verificadas através de técnicas de análise de imagens. O aparelho ECOTOX monitora, de forma totalmente automática, as alterações no comportamento de organismos de teste em contato com substâncias tóxicas, de forma rápida, não invasiva e sem o uso de reagentes. O flagelo Euglena gracilis foi utilizado em um instrumento ECOTOX para a análise de amostras de águas coletadas junto a foz dos rios Cachoeira e Parati. Os resultados indicaram que, mesmo em baixas concentrações (1:31), já é percebido um percentual de inibição nos principais parâmetros fisiológicos do flagelo, como mobilidade, fototaxia, gravitaxia, velocidade e forma, o que significa que as amostras encontravam-se contaminadas por toxinas.