Os ensaios ecotoxicológicos são realizados para determinar o efeito deletério de agentes físicos ou químicos a diversos organismos aquáticos. Para se quantificar estes efeitos, deve-se realizar ensaios de toxicidade com organismos teste através de metodologias protocoladas. O complexo hidrológico da Baía da Babitonga apresenta dispostos em seu sedimento, matéria orgânica e metais pesados, oriundos das atividades antrópicas industriais e portuárias, e ainda da disposição de efluentes domésticos e agrícolas, principalmente sem tratamento, provenientes das regiões que esta engloba. No entanto, até o presente momento, na região de estudo, não se sabe até que ponto esses metais ou compostos orgânicos são tóxicos ao meio ambiente e aos organismos. Este projeto tem como objetivo aplicar um método de análise de ecotoxicidade em sedimentos marinhos da Baía da Babitonga. Para a realização dos testes foram definidos pontos de coleta, e posteriormente foram realizados os bioensaios com o organismo teste Mysidopsis juniae. Para a realização dos bioensaios toxicológicos foram utilizados os procedimentos descritos nos manuais da UNEP (1989), ASTM (1992) e CETESB (1992). Os bioensaios com os microcrustáceos (Mysidopsis juniae) foram realizados no Laboratório de Ecotoxicologia da Universidade da região de Joinville – UNIVILLE. Por fim fez-se um trabalho estatístico para verificação da calibração do método.