A Baía da Babitonga constitui uma das maiores formações estuarinas do litoral norte de Santa Catarina com dois eixos nas orientações NE – SW que correspondem ao eixo principal, e ao eixo NW – SE onde estão os canais do Palmital e do Linguado. Nos fundos inconsolidados sublitorais da baía se desenvolvem comunidades macrobentônicas que respondem à composição do sedimento e os padrões de circulação locais. Esses organismos podem ser indicadores das condições do substrato, podendo apresentar maior sensibilidade a perturbações ambientais. O objetivo do trabalho foi determinar os padrões de dominância do macrobentos no sublitoral inconsolidado em 16 pontos distribuídos ao longo do eixo principal da baía. As amostras foram retiradas em 6 metros de profundidade através de mergulho autônomo com o auxílio de um amostrador cilíndrico de aço com 25 cm de diâmetro por 15 cm de altura. As amostras foram previamente lavadas em campo com uma sacola de malha com abertura de 500 ¼m. O material foi triado sob microscópio estereoscópio e os organismos da macrofauna bentônica identificados e preservados em frascos com formalina 10% neutralizada. Amostras de sedimento foram retiradas para determinar as porcentagens de matéria orgânica e carbonato de cálcio, e amostras de água para determinar a temperatura e a salinidade. A porcentagem média de matéria orgânica foi de 1,1% nos pontos próximos da desembocadura da baía e de 11,1% nos pontos intermediários e internos. A concentração média de carbonato de cálcio nas proximidades da desembocadura foi de 3,8% e aumentou para 18,9% nos pontos intermediários e internos. A temperatura e a salinidade da água apresentaram pouca variação, com valores médios de 22,8°C e 27,03 respectivamente. Os organismos dominantes foram Polychaeta (86%), Crustacea (8,1%) e Echinodermata (2,7%). Foram encontrados 67 táxons e o poliqueta Magelona sp. (38,5%) foi o mais abundante, seguido de Aricidea abatrossae (8,2%), Parandalia tricuspis (5%), Dispio sp. (4%), Poecilochaetus sp. (3,4%) e Armandia sp. (3,4%). A abundância de Magelona sp. e Aricidea abatrossae tenderam a aumentar nos pontos internos da baía, acompanhando as concentrações de matéria orgânica e carbonato de cálcio. Esse aumento ocorreu pela proximidade dos pontos com a foz do Canal do Palmital, área que tende a aumentar a deposição sedimentos mais finos, ao contrário dos pontos próximos da desembocadura da baía, onde dominou Armandia sp. A análise preliminar dos dados demonstrou que ocorre influência direta da composição do sedimento sobre a macrofauna bentônica sublitoral no eixo principal da baía.