A baixa energia ambiental na seção interna da Baía da Babitonga, a proximidade com áreas de drenagem continental e a descarga contínua de sedimento dos rios condicionam a formação de bancos lodosos com agregados do bivalve Mytella charruana. A essas formações biológicas estão associadas outras espécies de organismos da macrofauna bentônica pela deposição e retenção de matéria orgânica e sedimentos finos. Estudos foram desenvolvidos para determinar a composição e a densidade da macrofauna bentônica em um banco lodoso próximo à desembocadura do Rio Palmital em maio de 2004, 2005 e 2006. Foram coletadas amostras da macrofauna com um amostrador cilíndrico de 20 cm de diâmetro por 15 cm de altura em dois pontos próximos no banco lodoso. Essas amostras foram acondicionadas em sacos plásticos e fixadas com formalina a 10%. Em laboratório foram lavadas com o auxilio de uma peneira com malha de 500 µm, triadas sob microscópio estereoscópio, os organismos identificados e determinada a biomassa total. A água de percolação foi coletada para determinar a temperatura e a salinidade. A variação de temperatura foi de 19,5 a 22ºC e a salinidade de 17 a 19 nos três anos. A densidade e a biomassa dos organismos da macrofauna bentônica foram maiores em 2004, mas o número de táxons aumentou em 2006, já a biomassa e a densidade total foram maiores em 2004, reduziram em 2005 e voltaram a aumentar em 2006. Em geral, Mytella charruana foi o mais abundante, seguido de Neanthes sp., Polydora websteri e Isolda pulchela. Em 2004 e 2006 M. charruana foi numericamente dominante e em 2005 dominou Neanthes sp., essa tendência de aumento da densidade também ocorreu com Isolda pulchela, Glycera americana e Neritina virginea. Uma tendência observada nesse estudo foi a relação inversa da dominância de M. charruana com os demais táxons, que dominaram em 2005, principalmente Neanthes sp. Esse mesmo padrão de variação foi observado quando houve redução da biomassa, como conseqüência da redução de M. charruana. Essas variações observadas ao longo dos três anos de amostragem levam à constatação de que M. charruana pode ser o organismo que estrutura essa comunidade. Isso ocorre através do acúmulo de finos, de matéria orgânica e de pelotas fecais, que levam à redução de oxigênio no sedimento. Por se tratar de um organismo filtrador, a ingestão das larvas planctônicas também pode contribuir na estruturação dessa comunidade.