As ilhas situadas no interior da Baía da Babitonga detêm uma grande diversidade biológica, apresentando importante papel ecológico e econômico. Devido a diversidade da vegetação encontrada nas ilhas, objetivou-se, por meio deste trabalho, colaborar com o conhecimento sobre a flora insular, através da identificação das Orchidaceae e Pteridophyta encontradas em 3 ilhas da Baía. O levantamento foi desenvolvido nas ilhas dos Papagaios, Cação e Alvarenga, sendo a primeira localizada no município de Araquari e as demais em São Francisco do Sul. Este trabalho também está sendo realizado nas ilhas das Claras, Araújo de Dentro, Araújo de Fora e Araújo do Meio, porém essas não apresentaram resultados significativos até o momento. Coletas de material fértil foram realizadas uma vez ao mês em cada ilha. O material coletado foi trazido ao herbário da UNIVILLE, onde foi prensado e herborizado para posteriormente ser identificado com o auxílio de técnicos do Herbário Barbosa Rodrigues, de Itajaí. As coletas resultaram em 17 espécies de Orchidaceae: na ilha dos Papagaios as espécies Epidendrum latilabre Lindl, Liparis nervosa (Thunb. ex Murray), Encyclia fragrans (Sw.) Dressler Lind e Vanilla chamissonis Klotzsch predominaram; nas ilhas Cação e Alvarenga foi verificada Epidendrum latilabre Lindl como a espécie mais encontrada. O epifitismo foi o modo de vida prevalecente, representado por 13 espécies (Epidendrum latilabre, entre outras) seguida por 3 terrícolas (Liparis nervosa (Thunb. ex Murray) Lindl., Aspasia lunata Lindl. e Cyrtopodium paranaense Schltr), e apenas 1 hemi-epífita (Vanilla chamissonis Klotzsch). Para as Pteridophyta, 19 espécies foram localizadas nas 3 ilhas, sendo mais comum na ilha dos Papagaios Pteridium aquilinum (L.) Kuhn, indicativa da ação antrópica que vem descaracterizando a vegetação nas ilhas, e Microgramma vacciniifolia (Langsd. & Fisch.) Copel. Na ilha do Cação Pteridium aquilinum foi a espécie predominante e na Alvarenga, Microgramma vacciniifolia. A forma de vida predominante para as Pteridophyta foi a terrícola representada por 15 espécies (Cyathea atrovirens (Langsd. & Fisch.) Domin e. Trichomanes pilosum Raddi, entre outras) e 4 lianas (Lygodium volubile Sw., Microgramma vacciniifolia, Pleopeltis angusta Humb. & Bonpl. ex Willd. e Pleopeltis percussa (Cav.) Hook. & Grev. ). As espécies coletadas foram encontradas em áreas com vegetação compatível à Floresta Ombrófila Densa de Terras Baixas e Restinga. Esse levantamento contribuiu com o conhecimento sobre a família Orchidaceae e sobre as Pteridophyta que ocorrem nas ilhas da Baía da Babitonga. Apoio FAP/UNIVILLE.