Grande parte da diversidade microbiana contribui para o equilíbrio de todos os ecossistemas, interagindo com outros organismos em uma relação de simbiose. Nesse sentido, o fungo comestível Pleurotus ostreatus, da classe dos basidiomicetos, com alto valor nutritivo, aplicações ambientais e potenciais terapêuticos, quando cultivado em substrato agroindustrial é capaz de degradar lignina e celulose, favorecendo o desenvolvimento de bactérias. Atualmente, técnicas de biologia molecular possibilitam identificar a microbiota existente em qualquer tipo de substrato, permitindo desta forma, conhecer a interação microbiana existente em um sistema. Com base no exposto, este trabalho teve como objetivo desenvolver um protocolo para a extração de DNA bacteriano presente no cultivo de P. ostreatus, utilizando o resíduo de palha de folha de bananeira. O substrato foi amostrado e avaliado a cada 10 dias, nos períodos de desenvolvimento micelial e também no estágio de frutificação (40 dias após inoculação do micélio), sendo acompanhados conforme a evolução do cultivo. Divididos em dois grupos, meio de cultivo Sabouraud (S) e água destilada (A), as amostras de substrato foram condicionadas em tubos de 50 mL de capacidade, previamente estéreis, contendo 12 mL de (S) e (A) respectivamente, por 48 horas à 30°C. Em seguida, para o rompimento da parede celular, as amostras foram submetidas por 10 minutos à sonicação, colocadas em banho fervente por 10 minutos e posteriormente à agitação mecânica em vórtex por 30 segundos. A extração do DNA foi realizada pelo método fenol-clorofórmio, e as amostras foram armazenadas em freezer a –20^oC. Na etapa seguinte, a ser realizada nos meses de novembro e dezembro de 2006, as amostras serão submetidas à técnica de Polymerase Chain Reaction (PCR) para a amplificação e visualização do DNA mediante a técnica de eletroforese em gel de agarose 1%.