O Índice de Condição (IC) em mexilhões é a relação entre o peso corporal (partes moles) e o peso da concha (partes duras). Indivíduos com tecidos reprodutivos desenvolvidos correspondem a um IC alto, já um IC baixo indica que os organismos eliminaram seus gametas, apresentando gônadas pouco consistentes ou em fase de repleção. Através da análise do IC, pode-se fazer previsões sobre os períodos de maior disponibilidade de larvas no meio, permitindo informar ao produtor a melhor época de imersão dos coletores na obtenção de sementes para cultivo, bem como previsões de melhores épocas de colheita para comercialização de mexilhões. Objetivando comparar o IC em dois parques de cultivo de São Francisco do Sul (SC), analisou-se mexilhões provenientes de ambiente praial (Praia da Enseada - EM) e estuarino (baía da Babitonga - BB). As coletas foram realizadas quinzenalmente no período de junho/2005 a junho/2006, sendo retirados de cada local 30 mexilhões com comprimento entre 7 e 8 cm. Após coletados, foram levados ao laboratório para limpeza das conchas; pesados e medidos individualmente; abertos para determinação do sexo e estágio sexual macroscópico. Os tecidos do molusco foram retirados da concha sendo pesados e medidos individualmente e mantidos em estufa a 60 ºC por 48 horas, para obtenção do peso seco individual. Para o cálculo do IC foi utilizada a fórmula [IC=peso seco das partes moles / peso total – peso da concha seca]. Os organismos da baía da Babitonga apresentaram maior IC na primeira quinzena de agosto com média 14,58 e desvio padrão 2,89 e, menor IC na segunda quinzena de junho com média 6,92 e desvio padrão 1,28. Já os exemplares da Enseada apresentaram maior IC na primeira quinzena de março com média 18,04 e desvio padrão 6,57 e, menor IC na segunda quinzena de dezembro com média 4,35 e desvio padrão 1,79. Os mexilhões da baía da Babitonga apresentaram um IC superior aos da Enseada na maioria das coletas, com exceção da segunda quinzena de agosto. Isso pode estar relacionado com o aporte de nutrientes característico das regiões estuarinas. Porém, a confirmação dessa característica só será realizada com estudos de composição de seston, material particulado e clorofila dessas regiões. As diferenças de IC indicam períodos diferenciados de desova mesmo para locais próximos geograficamente e, a necessidade de se acompanhar o ciclo sexual localmente quando das definições de períodos de colocação de coletores e de colheita para fins comerciais.