A toninha, Pontoporia blainvillei (Gervais & D`Orbigny, 1844), é um pequeno cetáceo endêmico da América do Sul, distribuindo-se desde o Espírito Santo, no Brasil, até o Golfo Nuevo na Argentina. É considerado o golfinho mais ameaçado do Oceano Atlântico Sul Ocidental, principalmente em virtude da captura acidental em redes de pesca. Em Santa Catarina ocorrem duas formas morfológicas de P. blainvillei, com indivíduos menores ao norte e maiores ao sul do Estado. Porém, o estuário da Baía da Babitonga, localizado ao norte de Santa Catarina, abriga uma pequena população de toninhas que possui áreas de vida restrita a porção interna desta baía. Contudo, a espécie também está presente no litoral adjacente, externo à baía. O objetivo deste trabalho foi avaliar se existem diferenças na morfometria do crânio de toninhas que vivem dentro da Baía em relação aos indivíduos que vivem no litoral adjacente, que pudessem indicar um possível isolamento populacional na região. A técnica utilizada foi a morfometria tradicional, que estuda as variações na forma e tamanho dos seres vivos usando medidas lineares. Os crânios analisados procederam de animais encontrados mortos na região e todos os indivíduos analisados tinham mais de 100 cm de comprimento total. Foram utilizados 11 crânios no total, sendo seis de indivíduos do interior da Baía (três fêmeas, dois machos e um indivíduo de sexo não identificado) e cinco crânios do litoral adjacente (três fêmeas e dois indivíduos de sexo não identificado). Com dois paquímetros digitais foram tomadas 33 medidas de cada crânio. O teste t mostrou diferença em duas medidas: a largura posterior dos frontais (LPF) (t = 2,71; p = 0,02), com maiores valores para os indivíduos do interior da baía, sendo que os indivíduos machos apresentaram valores mais altos do que as fêmeas; e para maior largura pré-maxilar (MLP) (t = 2,70; p = 0,02) com maiores valores para os indivíduos do interior da baía, independente do sexo. Para as demais medidas o teste t não apresentou significância. Na análise de componentes principais, houve dois agrupamentos principais: um indicando maiores valores para os indivíduos coletados no interior da Baía da Babitonga e outro onde os menores valores estiveram relacionados com as toninhas do litoral adjacente. Os dados aqui apresentados indicam que há diferenças morfológicas entre as toninhas do interior da Baía da Babitonga e aquelas recuperadas no litoral adjacente. As toninhas do interior da Baía também apresentaram crânios mais robustos.