No estuário da Baia da Babitonga onde situa-se o porto de São Francisco do Sul, ocorrem diversas atividades portuárias que podem alterar a qualidade das águas superficiais tanto química como fisicamente. As atividades antrópicas da região de entorno da Baía também podem alterar as concentrações dos metais a valores mais altos dos que apresentavam originalmente no ambiente. Esses metais podem se acumular nos diversos compartimentos ambientais, e também na biota. Assim os estudos de contaminação de águas costeiras têm grande importância uma vez que ela é principal fonte de proteína animal marinha, e renda para a população destas áreas e acabam tornando-se a principal via de transferência de metais pesados para a população humana. Portanto o objetivo deste trabalho foi avaliar a variação espaço-temporal de metais pesados na coluna d’água na região de entorno Porto de São Francisco do Sul - SC. Foram realizadas coletas de água nos meses de janeiro, abril, julho e outubro de 2009, a 1m da superfície, com o auxilio de uma garrafa de Van Dorn, em 3 pontos ao entorno do porto e 1 ponto controle ao norte da ilha do Alvarenga, com intuído de avaliar os metais cromo, ferro, níquel, cobre, alumínio e mercúrio. Os métodos de análise seguiram as recomendações de APHA (2001). Os 3 pontos ao entorno do porto não apresentaram diferenças significativas de concentração entre si, sendo considerados então um único ponto. As concentrações de cromo, mercúrio, níquel, cobre não variaram significativamente na avaliação espaço-temporal , oscilando entre 0 mg/L e 0,01 mg/L , 0 mg/L e 0,001 mg/L, 0,01 mg/L a 0,53 mg/L, 0 mg/L a 14 mg/L respectivamente. As concentrações de ferro não variaram significativamente na avaliação espacial. Na temporal, os valores foram significativamente mais altos nos meses de abril e julho em relação a janeiro e outubro, com concentrações variando entre 0,064 mg/L e 12,589 mg/L. E as concentrações de alumínio variaram significativamente na avaliação espaço-temporal no mês de janeiro, comparando com os demais meses, suas concentrações oscilaram entre 0,071 mg/L a 0,735 mg/L. Pode-se concluir então que o alumínio variou espaço-temporalmente. Observou-se também que o ferro apresentou variação significativa apenas na avaliação temporal. E os demais metais, Níquel, Cobre, Cromo e Mercúrio não apresentaram variações espaço-temporal. A maioria dos metais analisados tiveram seus valores acima dos limites permitidos pela Resolução CONAMA 357/2005, para classificação de águas salobras classe 2, estando apenas o cromo dentro dos limites.