A presente pesquisa tem como foco as doenças negligenciadas – aquelas que não apresentam atrativos econômicos para o desenvolvimento de fármacos, quer seja por sua baixa prevalência, ou por atingir população em região de baixo nível de desenvolvimento. Este tema está inserido num contexto paradoxal de duas realidades: uma com altos investimentos em pesquisa, desenvolvimento & inovação (P,D&I) por grandes laboratórios; outra, com descaso refletido pela ausência de pesquisa e tecnologia inovadora para tratar de doenças que atingem populações com menor poder aquisitivo. Nesse cerne, surge a discussão sobre a compatibilidade ou não entre o direito à propriedade intelectual e o direito ao acesso à saúde. Esta discussão foi corroborada pelo Projeto de Lei nº 3945/2012 que prevê a não patenteabilidade de medicamentos destinados a doenças negligenciadas e a promoção da produção destes medicamentos sem pagamento de royalties. Os objetivos desta pesquisa consistem na análise dos efeitos da eventual aprovação do Projeto de Lei 3945/2012, das ações e pesquisas para o desenvolvimento de medicamentos para as doenças negligenciadas e das vantagens e desvantagens da concessão de licenças compulsórias para os medicamentos destinados a doenças negligenciadas, bem como, da produção desses medicamentos. A metodologia de pesquisa adotada foi o método indutivo, uma vez que teve como ponto de partida o Projeto de Lei 3945/2012, analisando-se posicionamentos favoráveis e contrários à aprovação do referido projeto, o cenário das doenças negligenciadas e das patentes de medicamentos. Destarte, durante o desenvolvimento da pesquisa, verificou-se que, ainda que exista uma lacuna de P,D&I para os fármacos destinados a doenças negligenciadas, tanto o referido Projeto de Lei quanto a concessão de licenças compulsórias não se mostram viáveis e eficazes ao ponto de garantir a compatibilidade entre o direito à propriedade intelectual e o acesso à saúde. A melhor alternativa ainda é a manutenção do fomento à P,D&I para as doenças negligenciadas.