A Baía da Babitonga, no litoral norte do Estado de Santa Catarina, uma das principais formações estuarinas do sul do Brasil, comporta cerca de 24 ilhas com formações vegetacionais de Floresta Ombrófila Densa, Restinga e Manguezal. Visando conhecer a composição florística de oito destas ilhas (Barcos, Flores, Grande, Guaraqueçaba, Herdeiros, Mandigituba, Papagaios e Rita), foram realizadas visitas mensais coletando-se material fértil, que foi herborizado, identificado e incluído no acervo do Herbário Joinvillea. Fabaceae foi a família com mais espécies identificadas -24, com ênfase para Andira fraxinifolia Benth. e Dalbergia ecastophyllum (L.) Taub. De Orchidaceae foram identificadas 23 espécies, sendo muito representativas Liparis nervosa (Tunb.) Lindl. e Cyrthopodium paranaense Schultr. De Myrtaceae foram 17 espécies, com destaque para Eugenia uniflora L. e Myrcia brasiliensis Kiaersk. Também foram identificadas 30 espécies de Pteridophyta, como Cyathea atrovirens (Langsd & Fisch) Domim. e Microgramma vaciniifolia (Cav.) Hook. & Grev., e espécies de outras famílias como Clusiaceae (Clusia criuva Camb.), Lauraceae (Ocotea pulchella Mart.), Euphorbiaceae (Pera glabrata (Schott.) Baill.), Meliaceae (Guarea macrophylla Vahl.), Sapindaceae (Cupania oblongifolia Mart.). Além de árvores e arbustos, 61 espécies de lianas foram identificadas, com destaque para Davilla rugosa Poir., Paullinia trigonia Vell. e Canavalia bonariensis Lind. Este trabalho integra o Projeto Ilhas da Babitonga: diversidade florística em ecossistemas insulares, que visa conhecer a composição florística das vinte e quatro ilhas da baía.