Agregados do bivalve Mytella charruana se estabelecem nas proximidades das desembocaduras de rios que deságuam na Baía da Babitonga e formam bancos lodosos distribuídos principalmente nas porções internas da baía. Esses bancos lodosos constituem uma feição comum, sendo que a sua formação decorre das condições de baixa energia ambiental, dos processos deposicionais e pela elevada descarga de sedimentos nas desembocaduras dos rios. Nos últimos anos, esses processos têm acelerado em função do fechamento do Canal do Linguado e do uso e ocupação inadequada das margens dos rios da região, além do grande aporte de efluentes de origem industrial e doméstica. As conseqüências desses processos não estão bem estabelecidas, mas decorrem do acúmulo excessivo de sedimentos oriundos da descarga dos rios, na baixa taxa de renovação das massas de água e no acúmulo dos sedimentos em bancos lodosos de M. charruana. Esses processos podem causar impactos diferenciados nas associações da macrofauna bentônica através do aumento na carga de deposição e distribuição desses sedimentos. Na porção interna da Baía da Babitonga foram realizados estudos ao longo de três anos para determinar a composição, a densidade e os padrões de distribuição da macrofauna bentônica em três bancos lodosos. As amostragens da macrofauna bentônica foram realizadas no inverno e no verão dos anos de 2004, 2005 e 2006 nas desembocaduras dos rios Parati, Cachoeira e Palmital. Com um delimitador foram retiradas amostras da macrofauna bentônica em cada um dos bancos, que foram fixadas e lavadas em peneiras com abertura de 500 μm. Foram retiradas amostras de sedimento e de água de percolação para a análise de parâmetros sedimentológicos, físicos e químicos. A temperatura da água e a salinidade seguiram os padrões esperados nas estações dos anos e a salinidade variou de acordo com a proximidade dos bancos lodosos de áreas de maior aporte fluvial. A baixa porcentagem de matéria orgânica no rio Palmital ocorreu pela origem fluvial do sedimento e à elevada intensidade das correntes, que elevaram a proporção de areia quando com comparado aos demais rios. A composição das associações da macrofauna bentônica no rio Palmital foi distinta dos demais rios. Em geral, essas associações tenderam a acompanhar a variação na composição do sedimento nos bancos lodosos e a elevada densidade de M. charruana. O estudo indicou que esse organismo pode ter um papel de organismo estruturador das comunidades bentônicas em bancos lodosos no interior da baía.