A Baía da Babitonga constitui uma das maiores formações estuarinas do litoral norte de Santa Catarina, com eixos nas orientações NE – SW que correspondem ao eixo principal, e ao eixo NW – SE onde estão os canais do Palmital e do Linguado. Nos fundos inconsolidados sublitorais da baía se desenvolvem comunidades macrobentônicas que estão associadas ao sedimento inconsolidado, condicionados pelos padrões de circulação locais. Esses organismos tendem a variar de acordo com a composição do substrato, que é condicionada por padrões hidrodinâmicos. Em geral esses organismos apresentam maior sensibilidade a perturbações ambientais pela baixa mobilidade e ciclo de vida relativamente curto. O objetivo do trabalho foi determinar os padrões de variação espacial do macrobentos no sublitoral inconsolidado em 29 pontos distribuídos ao longo da baía. Amostras foram retiradas em uma profundidade média de 6 metros através de mergulho autônomo com o auxílio de um amostrador cilíndrico de aço. As amostras foram previamente lavadas em campo com uma sacola de malha com abertura de 500 μm. O material foi triado sob microscópio estereoscópio e os organismos da macrofauna bentônica identificados e preservados. Amostras de sedimento foram retiradas para determinar as variações nas proporções do tamanho dos grãos, porcentagens de matéria orgânica e carbonato de cálcio. A água próxima ao fundo foi coletada para determinar a temperatura e a salinidade. Em geral a salinidade tendeu a diminuir a partir da desembocadura até o interior de baía e a temperatura não apresentou um claro padrão de variação. O sedimento apresentou maior proporção de matéria orgânica na no interior da baía, tendendo a aumentar a concentração de areia nos pontos próximos à desembocadura. Polychaeta foi o grupo dominante na macrofauna bentônica, seguido de Crustacea. A abundância de Magelona sp. e Aricidea abatrossae tenderam a aumentar nos pontos internos da baía, acompanhando as concentrações de matéria orgânica e carbonato de cálcio. Esse aumento ocorreu pela proximidade dos pontos com a foz do Canal do Palmital, área que tende a aumentar a deposição sedimentos mais finos, ao contrário dos pontos próximos da desembocadura da baía, onde dominou Armandia sp. O maior número de táxons no Canal do linguado, representado pelo poliqueta Polydora sp., pode estar relacionado com a maior disponibilidade de matéria orgânica e carbonato de cálcio. A análise preliminar dos dados demonstrou que em geral ocorre influência direta da composição do sedimento sobre a macrofauna bentônica sublitoral da Baía da Babitonga.