As formas de uso e ocupação do solo do município de Joinville, terceiro polo industrial da região Sul do Brasil, caracterizam-se pela instalação de residências e indústrias, bem como agropecuária e mineração. Situado na Zona de Domínio da Mata Atlântica, a vegetação nativa tem sido altamente impactada pelas atividades antrópicas e a mata ciliar de diversos corpos d’água descaracterizada ou suprimida. Este trabalho teve como objetivo conhecer as principais espécies da flora vascular das bacias dos Rios do Braço, Cachoeira e Cubatão. Foram realizadas coletas de plantas férteis na mata ciliar ao longo dos rios, cujas exsicatas integram o acervo do Herbário Joinvillea, da UNIVILLE. A identificação foi realizada a partir de consulta a especialistas, comparação com exsicatas do acervo e buscas em literatura específica. Na bacia do Rio do Braço foram identificadas 39 espécies de 29 famílias; na bacia do Rio Cubatão, 58 espécies de 39 famílias; na bacia do rio Cachoeira, 33 espécies de 25 famílias. As famílias e espécies de samambaias mais representativas são Blechnaceae (Blechnum brasiliense Desv.), Cyatheaceae (Cyathea atrovirens (Langsd. & Fish.) Domin), Dryopteridaceae (Ctenitis pedicellata (Christ) Copel) e Polypodiaceae (Pleopeltis angusta Humb. & Bonpl. ex Willd.). Dentre as angiospermas destacam-se Arecaceae (Bactris setosa Mart., Euterpe edulis Mart. e Syagrus romanzoffiana (Cham) Glassman.), Rubiaceae (Psychotria nuda (Cham. & Schltdl.) Wawr, P. nemorosa Gardner e Faramea marginata Cham.) e Piperaceae (Piper cernuum Vell, P. mosenii DC e P. solmsianum DC). Além destas, foram identificadas espécies de Araceae, Asteraceae, Bromeliaceae, Cyperaceae, Melastomataceae, Poaceae, Sapindaceae e Zingiberaceae, entre outras. Asteraceae (Ageratum conyzoides L., Ellephantopus mollis Kunth. e Sphagneticola trilobata (L.) Pruski) são encontradas nas áreas de borda das nascentes, assim como Hedychium coronarium J. Joenig (Zingiberaceae), que ocorre de forma conspícua, constituindo-se numa planta invasora de difícil erradicação. Árvores do gênero Pinus Engel., igualmente invasoras, estabeleceram-se junto à vegetação de uma das nascentes do rio Cachoeira. A deposição de lixo é frequente ao longo das margens deste rio, sugerindo a necessidade urgente de medidas de educação ambiental para os moradores da região. Entretanto, a vegetação é densa e bem estruturada, indicando um bom estado de conservação.