A presente pesquisa tem como foco as doenças negligenciadas – aquelas que não apresentam atrativos econômicos para o desenvolvimento de fármacos, seja por sua baixa incidência populacional, ou por atingir população com baixo poder aquisitivo. Este tema está inserido num contexto paradoxal de duas realidades: uma com altos investimentos em pesquisa, desenvolvimento & inovação (P,D&I) por grandes laboratórios; outra, com descaso refletido pela ausência de pesquisa e tecnologia inovadora para tratar de doenças que atingem populações com menor poder aquisitivo. Nesse cerne, surge a discussão entre o direito à propriedade intelectual e o direito ao acesso à saúde. Esta questão foi corroborada pelo Projeto de Lei nº 3.945/2012 que prevê a não patenteabilidade de medicamentos destinados a doenças negligenciadas e a promoção da produção destes medicamentos sem pagamento de royalties. Os objetivos deste trabalho os objetivos deste trabalho visam diretamente demonstrar a relevância e necessidade de se observar pormenorizadamente o citado Projeto de Lei, em especial, as consequências de sua eventual e possível aprovação. Outrossim, busca-se compreender os conceitos que norteiam a propriedade industrial, em especial, as patentes de medicamentos, bem como, analisar as vantagens e desvantagens da concessão de licenças compulsórias para os medicamentos destinados a doenças negligenciadas. Ademais, pretende-se ainda analisar os posicionamentos favoráveis e contrários aos objetivos previstos com as alterações na legislação e, por conseguinte, seus reflexos ao direito da propriedade intelectual, ao acesso aos medicamentos destinados a doenças negligenciadas, de tal modo a garantir a compatibilidade desses direitos, bem como nas próprias políticas de incentivo à inovação. A metodologia adotada foi o método indutivo, uma vez que teve como ponto de partida o Projeto de Lei nº 3.945/2012, analisando-se posicionamentos favoráveis e contrários à sua aprovação, o cenário das doenças negligenciadas e das patentes de medicamentos. Destarte, durante o desenvolvimento da pesquisa, verificou-se que, ainda que exista uma lacuna de P,D&I para os fármacos destinados a doenças negligenciadas, o instituto da patente não é o maior óbice e único para se dirimir esta polêmica, sendo que a melhor alternativa ainda é a manutenção do fomento à P,D&I para as doenças negligenciadas.