Os sambaquis, são os vestígios mais marcantes da uma cultura denominada, genericamente, por sambaquiana, de pescadores-coletores-caçadores que ocuparam, praticamente, todo o litoral brasileiro por volta de 7.000 a 1.000 anos A.P. Por ocuparem áreas caracterizadas por grande produtividade pesqueira, como enseadas, regiões estuarinas e lagunares possuíam grande habilidade na prática de pesca. Atualmente, ao longo do litoral brasileiro, tem-se 2000 sambaquis registrados e, somente na Baía da Babitonga, uma formação estuarina localizada no extremo norte catarinense, estima-se 170 sambaquis. Comportando um dos maiores agrupamentos de sambaquis, esta região desperta interesse de diversos pesquisadores que buscam estudar não apenas as culturas pretéritas como também, as variações paleoambientais e as interações ecológicas entre o homem e fauna na tentativa de caracterizar e avaliar a oscilação das populações das espécies ao longo do tempo e buscar por modelos de conservação para manutenção das espécies atuais e futuras. Diante disto, o presente estudo vinculado ao projeto Costa Leste, buscou realizar uma análise preliminar da malacofauna que compõe a matriz arqueológica de 21 sambaquis distribuídos no litoral leste da Ilha de São Francisco do Sul, a fim de analisar os padrões de exploração desta fauna pelos povos pré-coloniais e caracterizar a malacofauna na região durante o Holoceno. Para obtenção dos resultados, foram realizados vários campos de reconhecimento e intervenções arqueológicas por meio de sondagens nos sambaquis. Em laboratório 100g do material proveniente das amostras foram separadas para datação e encaminhados para o Beta Analytic Inc. (USA) o e restante (± 10 litros) passaram por processo de flotação, triagem, identificação e análise dos dados. Este processo resultou em 76.401 peças identificadas ao menor nível taxonômico equivalente a 40.890 indivíduos distribuídos em 34 espécies de moluscos, sendo 17 gastrópodes (610) e 17 bivalves (40.280). Com base nas análises, 7 espécies não haviam sido registradas no paleoambiente holocênico da Babitonga e o levantamento preliminar de moluscos que ocorrem nos sambaquis associado à datação dos sítios arqueológicos resultou na identificação de similaridade entre as espécies de sítios próximos geograficamente, ressaltando a possibilidade de os sítios da zona leste de São Francisco do Sul não apresentarem variações significativas da fauna ao longo do tempo, mas sim em decorrência da distância ou proximidade territorial entre eles. Tais dados foram de extrema importância para complementar as respostas referentes à caracterização da mobilidade e domínio do ambiente pelas populações pretéritas, além de compor maiores informações sobre a fauna dos ambientes holocênicos.