O manguezal constitui um ambiente único, sendo um ecossistema costeiro de transição entre os ambientes terrestre e marinho. A Baía Babitonga, localizada ao norte do Estado de Santa Catarina, abriga a maior parte das florestas de manguezal da região Sul do Brasil e vem sendo intensamente submetida à ação antrópica. O conhecimento da dinâmica do meio físico relacionado à produção, distribuição e deposição de sedimentos são primordiais para a compreensão dos efeitos da ação humana sobre os manguezais. Este trabalho levantou informações sobre algumas características físico-químicas do manguezal da Baía Babitonga, identificando a presença e concentrações de variáveis do sedimento possivelmente associadas à influência antrópica. Foram coletadas amostras de sedimento em dois pontos do manguezal: um localizado próximo ao Porto de São Francisco do Sul (Porto) e outro localizado na região do Saco do Iperoba (Controle), sendo este o ponto amostral com o menor impacto antrópico possível dentro das condições estabelecidas. Foram analisados parâmetros como temperatura, salinidade, oxigênio dissolvido, condutividade, pH, alcalinidade, matéria orgânica e os diâmetros dos grãos, determinados por peneiramento. Para a determinação da concentração de hidrocarbonetos aromáticos policíclicos (HPAs) foi feita extração sólido-líquido de Soxhlet com posterior quantificação por cromatografia gasosa. Os valores dos parâmetros ambientais nos dois pontos amostrados foram próximos entre si, e não apresentaram diferença significativa. Para oxigênio dissolvido, o valor de 8,85 no manguezal do Porto pode ser associado às alterações de hidrodinâmica provenientes da urbanização em seu entorno e das dragagens recorrentes na região para a passagem de embarcações. Com relação à granulometria, apesar de se observar um predomínio de grãos com diâmetro maior no manguezal do Porto em relação ao Controle, os valores encontrados não foram diferentes estatisticamente. Também foi possível observar que tanto o Porto como o Controle, possuem valores semelhantes de percentual de matéria orgânica. Foram avaliados 16 HPAs (Naftaleno, Acenaftaleno, 2-bromonaftaleno, Acenafteno, Fluoreno, Fenantreno, Antraceno, Fluoranteno, Benzo(a)antraceno, Criseno, Benzo(b)fluoranteno, Benzo(a)pireno, Indeno(1,2,3-de)pireno, Dibenzo(a,h)antraceno, Benzo(g.h.i)pireno e as maiores concentrações encontradas variaram de 0,28 mg/L (naftaleno – Porto) a 2,43 mg/L (Indeno(1,2,3-de)pireno – Controle). É importante ressaltar as altas concentrações (mg/L) de todos os HPAs em ambos os manguezais. Estes valores já podem ser um indicativo do acúmulo destes contaminantes nos sedimentos da região, devido ao fluxo intenso de embarcações e possivelmente pela hidrodinâmica da Baía Babitonga.