Dentre os parâmetros de qualidade de água analisados para a composição do Índice de qualidade da água (IQA), encontra-se o nitrogênio total, que é a soma da concentração de todas as formas e estados da oxidação do nutriente nitrogênio que presentes em fertilizantes e esgotos sanitários, quando despejados em águas provocam um enriquecimento possibilitando o crescimento de seres vivos que os utilizam, especialmente algas e bactérias que consomem o oxigênio do meio durante a oxidação da matéria orgânica provocando o efeito conhecido como eutrofização. A equipe técnica do Comitê de Gerenciamento das Bacias dos Rios Cubatão e Cachoeira, realiza o Monitoramento de Qualidade de água nas Bacias Hidrográficas dos Rios Cubatão e Cachoeira e os dados obtidos são base para compor o Índice de Qualidade das Águas - IQA calculado para os pontos desde a nascente até a foz dos rios. Portanto, o objetivo deste trabalho é apresentar o comportamento do Nitrogênio em diferentes pontos de coleta de águas no Rio Cubatão principal manancial de abastecimento da Cidade de Joinville e do Rio Cachoeira inserido na Região urbana da Cidade. Para a realização deste trabalho foram analisadas 69 amostras de água dos rios no período de janeiro de 2015 a agosto de 2020. Os pontos de coletas no Rio Cubatão foram, RC1 próximo da nascente e RC3 próximo da foz do Rio, na bacia do Rio Cachoeira foram os pontos RCA1, próximo da nascente, e o RCA3 próximo a foz do Rio. Para análise dos dados foram obtidas médias dos resultados das análises de nitrogênio para cada ponto, obtendo como resultados no Rio Cubatão - RC1, o valor foi de 1,47 mg/L, e RC3, de 3,60 mg/L. No Rio Cachoeira - RCA1, 11,47 mg/L e RCA3, de 7,77mg/l. comparando os dados de ambas Bacias, observa-se uma quantidade maior de nitrogênio em ambos os pontos do Rio Cachoeira em relação ao Rio Cubatão, esse resultado deve-se possivelmente ao fato da influência direta da forte urbanização da região ainda sem a totalização do sistema de coleta e tratamento de esgotos sanitário na Bacia do Rio Cachoeira diferentemente da Bacia do Rio Cubatão que possui baixa urbanização sendo uma região com maior preservação das áreas de entorno do rio. evidenciando a necessidade de ações de controle ambiental na Bacia do Rio Cachoeira e atuação preventiva na Bacia do Rio Cubatão buscando garantir água para o desenvolvimento social e econômico da cidade.