Estuários como a baía da Babitonga são corpos hídricos de alta produtividade biológica e que tem como função ecológica servir de berçário para muitos organismos marinhos, o que se reflete na comunidade planctônica. Desta maneira, o presente estudo buscou avaliar a variação volumétrica do zooplâncton na Baía da Babitonga em três áreas de pesca de siris (Portunidae) entre dezembro de 2006 e abril de 2007. Para atingir os objetivos foram realizadas ao longo das estações de verão e outono coletas de zooplâncton em dezembro de 2006, janeiro, fevereiro, março e abril de 2007. Os pontos amostrais foram três, localizados nas proximidades das ilhas do Alvarenga, da Rita e do Mel, onde comunidades pesqueiras da baía exploram esta pesca com pucás. As amostras foram obtidas com uma rede de plâncton cônica de 40cm de diâmetro de boca, 200µm de abertura de malha, equipada com um fluxômetro para medir o volume de água filtrado durante o arrasto, sendo rebocada por dois minutos. Durante cada coleta foram determinados com multianalisador Horiba os valores de salinidade, temperatura, ph, condutividade e oxigênio dissolvido, em superfície e fundo. A transparência foi determinada através de um disco de Secchi em centímetros. No laboratório, o biovolume foi determinado através do método volumétrico, em mililitros, e posteriormente calculado por metro cúbico (ml/m³). A clorofila a foi determinada por fluorimetria. Os parâmetros físico-químicos variaram entre as áreas e épocas, porém foram similares em superfície e fundo em todos os pontos, provavelmente pelo trabalho estar todo contido no baixo estuário. A transparência teve pico no mês de março de 2007 na ilha do Alvarenga. O biovolume zooplanctônico teve média de 8,49ml/m³ na ilha do Alvarenga, 2,73ml/m³ na ilha da Rita e 1,45ml/m³ na ilha do Mel e aumentou em direção ao mês de janeiro de 2007 em todos os pontos amostrais, com pico na ilha do Alvarenga e queda nos meses seguintes. A concentração de clorofila a teve média de 30,74μg/L na ilha do Alvarenga, 41,90μg/L na ilha do Mel e 29,61μg/L na ilha da Rita, também foi maior em todos os meses na ilha do Mel, exceto no mês de abril de 2007 quando foi maior na ilha do Alvarenga. Com os resultados obtidos confirma-se a importância deste ecossistema para a comunidade planctônica além de ampliar o conhecimento sobre a disponibilidade planctônica nas áreas de pesca de portunídeos.