Os estuários caracterizam-se como áreas de alta produtividade, sendo de grande interesse para estágios iniciais de desenvolvimento. As espécies se agrupam por diferentes razões, formando agregados multi-específicos. A disponibilidade de recurso na área resulta na seleção do micro-habitat, e conseqüentemente interações entre os indivíduos. Este trabalho teve como objetivo identificar e quantificar as espécies que compõe a comunidade avifaunística de três setores do estuário da baía da Babitonga. Para a realização dos censos utilizou-se uma embarcação motorizada, binóculos Bushnell (7x35) e guias de identificação especializados. Foram realizadas transecções em três setores da baía: canal do Linguado (16,88 km), canal do rio Palmital (15,97 km) e canal de acesso da baía (12,31 km). Até o momento, foram realizados 9 censos (3 em cada área) percorrendo no total 400 km durante o período de maio a agosto de 2007. Foram registras 37 espécies, pertencentes a 20 famílias. Sterna eurygnatha, Egretta caerulea, Larus dominicanus, Phalacrocorax brasilianus e Egretta thula foram as espécies mais abundantes, correspondendo a 28%, 27%, 11%, 5% e 4%, respectivamente, dos indivíduos registrados. Machetornis rixosus, Nycticorax nicticorax, Fregata magnificens, Tringa flavipes e Aramides cajanea foram as espécies de menor ocorrência (0,1% cada). Algumas espécies apresentaram preferência entre os setores. Oitenta por cento (80%) dos indivíduos de E. caerulea foram registrados no canal do Linguado. Ceryle torquata teve86% de ocorrência no rio Palmital, que também abrigou 50% dos falconídeos registrados. Rynchops nyger teve 79% de seus registros nas praias do canal de acesso. O Palmital foi o setor que apresentou menor diversidade e apenas espécies comuns aos outros setores. Já o canal do Linguado apresentou quatro espécies de ocorrência restrita (A. cajanea, N. nicticorax, N. violaceos e T. flavipes) e também maior diversidade. A única espécie com ocorrência restrita às praias foi o suiriri-cavaleiro(M. rixosus). Da Ordem Passeriformes foram considerados apenas indivíduos de borda, dessa forma, esses representaram menos de 1% (0,8%) do total de espécies amostradas nos censos. Os dados mostram o potencial da baía da Babitonga como habitat para as comunidades avifaunísticas da região e mesmo para espécies migratórias destacando o pioneirismo de tal estudo para o estuário.