As emissões de águas subterrâneas em zonas costeiras (Submarine Groundwater Discharge – SGD) que ocorrem quando um aqüífero (superficial ou confinado profundo) está hidraulicamente conectado com áreas costeiras, são responsáveis pelo transporte de nutrientes, como também podem agir como fator coadjuvante na liberação de poluentes. Por esta razão, são objeto de estudo em diversos países, devido à importância dos processos de mistura e reações químicas que acontecem nestas áreas. De acordo com USGS (2004), as descargas submarinas de águas subterrâneas, SGD – são uma característica litoral presente em todas as costas. São controladas por uma série de processos climatológicos, hidrogeológicos, e oceanográficos, como por exemplo, os gradientes hidráulicos terrestres que refletem condições climáticas a curto e, em longo prazo, quase sempre transportam águas superficiais e subterrâneas para a costa. O presente trabalho visa identificar a ocorrência de SGDs na Baía da Babitonga, localizada no litoral norte do Estado de Santa Catarina com área total de 134 km², com objetivo de caracterizar a qualidade das águas das áreas de descargas submarinas de água subterrâneas neste estuário, do ponto de vista químico, isotópico e ecotoxicologico. Para tanto estão utilizadas abordagens analíticas tradicionais, isotópicas e testes ecotoxicológicos. Submetida a vários tipos de impactos, ano a ano se observam mudanças ocorridas neste ecossistema, sem que as suas dinâmicas tenham sido compreendidas. Algumas áreas suspeitas de ocorrência de SGDs já foram localizadas na Babitonga, e resultados preliminares da análise de parâmetros como: temperatura, salinidade, ph, oxigênio dissolvido, condutividade elétrica e concentração de cátions, na superfície e no fundo validam a hipótese da presença das mesmas. Com essas medidas foram encontradas inversão de salinidade e nesses pontos estão sendo coletadas águas para realização dos testes ecotoxicológicos com organismos – testes, de acordo com o Protocolo – L05.021/1987 - da CETESB (1987) com Artemia salina, para verificar o grau de toxidade nesses pontos, e para realização de análises isotópicas. Desta forma o projeto tem o escopo de desenvolver, aplicar e demonstrar métodos, procedimentos e tecnologias nos campos de investigação das possíveis SGDs localizadas no interior da Baía da Babitonga.