A bacia do Rio Cubatão é responsável por cerca de 70% do abastecimento de água de Joinville e de parte do município de Araquari (GONÇALVES; ZANOTELLI; OLIVEIRA, 2006, p. 9). O outro manancial é o rio Piraí que responde por 30% da água consumida na cidade. Após percorrer uma distância de 75 km, o Rio Cubatão deságua no Rio Palmital e este na Baía da Babitonga. As atividades agrícolas desenvolvidas na bacia do Cubatão são de subsistência e algumas, de valor comercial, sendo que dentre essas últimas pode-se destacar a bananicultura. O complexo hídrico formado pelo Rio Piraí e seus afluentes, localizados nas planícies aluviais favoreceram o cultivo da rizicultura nesta bacia. A região é responsável por cerca de 90% da área de arroz irrigado do município. O sistema utilizado é o pré-germinado. “Este sistema caracteriza-se pelo uso de sementes pré-germinadas em solo previamente inundado”(MARTINS, p.40). Em vista do exposto, este trabalho objetiva a análise qualitativa de agrotóxicos nas águas dessas bacias hidrográficas. Foram selecionados dois pontos de coleta de água e sedimento em cada Bacia Hidrográfica, mais um ponto branco, para verificação qualitativa da presença de agrotóxicos nas culturas de arroz (Bacia Hidrográfica do Rio Piraí) e banana (Bacia Hidrográfica do Rio Cubatão). Durante a coleta são feitas as análises in loco dos parâmetros: condutividade elétrica, oxigênio dissolvido, pH e temperatura. As coletas têm periodicidade mensal e são realizadas no período da tarde, independentemente de precipitação antes da coleta. As amostras de água, bem como as de sedimentos do fundo dos rios, são analisadas nos Laboratórios de Qualidade de Água e Saneamento e de Análises Instrumentais da Universidade da Região de Joinville – UNIVILLE. As amostras de água são filtradas e posteriormente passadas em colunas de extração em fase sólida – SPE. A extração dos agrotóxicos é feita com solução de metanol e acetona 1:3. Após esta etapa, as amostras são analisadas através de cromatografia gasosa CG/MS. Já as amostras de sedimento são secadas em estufa e depois passam por extração com clorofórmio, sendo também analisadas por cromatografia gasosa CG/MS. Até o presente momento, não foi detectada a presença de agrotóxicos tanto na água quanto no sedimento. Entretanto, o período de aplicação de agrotóxicos na rizicultura só começou em julho, sendo que neste mês não ocorreram chuvas significativas, dificultando o carreamento das agrotóxicos até os rios. Da mesma forma, o período de aplicação de agrotóxicos na bananicultura começará em setembro.