As emissões de águas subterrâneas em zonas costeiras (Submarine Groundwater Discharge – SGD) que ocorrem quando um aqüífero (superficial ou confinado profundo) está hidraulicamente conectado com áreas costeiras, são responsáveis pelo transporte de nutrientes, assim como podem agir como fator coadjuvante na liberação de poluentes. Por esta razão, são objeto de estudo em diversos países, devido à importância dos processos de mistura e reações químicas que acontecem nestas áreas. De acordo com USGS (2004), as descargas submarinas de águas subterrâneas (SGD) são uma característica litoral presente em todas as costas. São controladas por uma série de processos climatológicos, hidrogeológicos, e oceanográficos, como por exemplo, os gradientes hidráulicos terrestres que refletem condições climáticas a curto e, em longo prazo, quase sempre transportam águas superficiais e subterrâneas para a costa. O presente trabalho visa a identificar a ocorrência de SGDs na Baía da Babitonga, localizada no litoral norte do Estado de Santa Catarina e que possui uma lâmina de água com área total de 134 km², buscando também caracterizar a qualidade das águas das áreas de descargas submarinas de água subterrâneas neste estuário, do ponto de vista químico, isotópico e ecotoxicológico. Submetida a vários tipos de impactos, ano a ano se observam alterações ocorridas neste ecossistema, sem que as suas dinâmicas tenham sido compreendidas. Algumas áreas suspeitas de ocorrência de SGDs já foram localizadas na Babitonga, e resultados preliminares da análise de parâmetros como: temperatura, salinidade, pH, oxigênio dissolvido, condutividade elétrica e concentração de cátions, na superfície e no fundo validam a hipótese da presença das mesmas. Com as medições foram encontradas regiões com inversão de salinidade e nesses pontos estão sendo coletadas amostras de água para realização dos testes ecotoxicológicos com organismos–testes, de acordo com o Protocolo – L05.021/1987 - da CETESB (1987) com Artemia salina, para verificar o grau de toxicidade nesses pontos, e para realização de análises isotópicas. Nos testes ecotoxicológicos já realizados, nenhum ponto apresentou CL50 no intervalo de 0 a 100% da concentração. Pode-se afirmar que não foi evidenciada toxicidade aguda para esses pontos e estudos mais aprofundados de toxicidade crônica deverão ser realizados. Nas análises isotópicas, os resultados preliminares indicam uma grande homogeneidade na composição isotópica das águas subterrâneas da região, o que sugere um sistema interligado.