A Baía da Babitonga constitui-se de sistema estuarino localizado no litoral norte do Estado de Santa Catarina, fazendo parte de um complexo hídrico que abrange também as águas epicontinentais resultantes da drenagem da Unidade Geomorfológica da Serra do Mar, bem como os subsistemas estuarinos distributários. Os padrões de composição e disposição do sedimento de fundo expressam as condições oceanográficas quanto à processos estuarinos, incluindo o desenvolvimento de comunidades da macrofauna bentônica. O teor de nutrientes e matéria orgânica presente no sedimento podem estar associados com a variação de biomassa da macrofauna bentônica. O presente trabalho tem como objetivo determinar a variação espacial dos sedimentos de fundo na baia da Babitonga. A metodologia utilizada inclui 18 estações amostrais distribuídas pela baía, as quais são visitadas para a coleta de sedimentos e organismos da macrofauna bentônica em quatro campanhas amostrais com periodicidade sazonal. Após cada campanha são realizadas análises sedimentológicas incluindo teor de carbonato de cálcio, matéria orgânica, bem como granulometria, com o uso de técnicas de peneiramento, para as frações superiores a areia, e pipetagem, para as frações silte e argila. Os resultados parciais para a concentração de matéria orgânica, envolvendo duas campanhas demonstraram que seu teor varia entre 0,45 e 8,1 gramas, sendo que a maior parte dos pontos amostrais teve um aumento de concentração de matéria orgânica da segunda campanha em relação a primeira. Sua distribuição espacial apresenta-se com c ocorrendo próximos a ilha da Rita e o canal do Linguado em profundidade de 2 metros. Em relação à baia como um todo, pode-se verificar maior concentração de matéria orgânica em profundidades próximas às áreas mais rasas, tendo também menores concentrações na desembocadura da baia, setor de maior profundidade. No entanto, tais resultados ora apresentados são de natureza parcial, sendo assim, interpretações mais seguras sobre o as variações espaciais e temporais dos sedimentos na Baia da Babitonga serão possibilitadas com a finalização das campanhas restantes, e as análises dos dados de granulometria, teor de CaCO₃, em conjunto com análise dos dados relativos à macrofauna bentônica.