Estuários são ambientes de transição entre os sistemas marinho e continental, que em geral apresentam significativas variações nas características físicas, químicas, geológicas e biológicas, atribuída principalmente aos processos de mistura entre água salgada e doce. Neste contexto, destacam-se neste ambiente, a ocorrência dos gradientes de salinidade, a erosão, transporte e deposição de sedimento, e sua influencia nas comunidades da macrofauna bentônica. O objetivo do presente trabalho foi determinar a variação espacial dos sedimentos de fundo e da macrofauna bentônica da Baía da Babitonga. Tal investigação apoiou-se na amostragem em quatro transectos (denominados de 1, 2, 3 e 4) localizados em distintos sub ambientes, com diferentes condições oceanográficas abrangendo desde a porção proximal até a distal daquele estuário. As amostras da macrofauna bentônica foram retiradas em dezoito pontos com o auxílio de um amostrador cilíndrico, lavadas no local com uma malha de 500 µm e em laboratório os organismos foram triados, identificados e quantificados. O sedimento foi retirado com um recipiente de 300 ml nos mesmos 18 pontos e em laboratório foram determinadas, pelo método do peneiramento e pipetagem, as frações de silte, argila e areia, além dos momentos estatísticos. Os sedimentos amostrados na baia classificam-se em relação à granulometria com predominância nas classes areia, areia síltica, silte arenoso, e silte argiloso. As texturas mais grosseiras situam-se nas profundidades mais rasas dos transectos dos sub ambientes distais (1 e 2), enquanto as frações mais finas em áreas mais profundas e predominatemente nos sub ambientes proximais (transectos 3 e 4). A temperatura de superfície e fundo foi determinadas em campo a partir de amostras de água coletadas com uma garrafa Van Dorn,as quais também permitiram a determinação da salinidade em laboratório. A salinidade foi constante em fundo e superfície, mas foi maior no transecto 1, decaindo no 3. A temperatura foi maior na superfície nos transectos 1, 2 e 4 e similares no 3. Polychaeta foi o grupo dominante, seguido de Crustacea. O número de táxons e a densidade foram maiores no transecto 1, decrescendo nos transectos 3 e 4. A dominância de Polychaeta foi relacionada a ambientes a tendência do aumento de salinidade em substratos com a predominância de areia, considerada uma tendência recorrente em ambientes sob a influência marinha. Verificou-se que ocorre forte relação entre a distribuição sedimentar e a macrofauna bentônica, porém, ainda está sendo analisado os padrões temporais associados a distribuição espacial, afim de fundamentar melhor tais interações.