O cultivo do mexilhão Perna perna é uma importante atividade econômica no litoral Norte do Estado de Santa Catarina e, para sua sustentabilidade, há necessidade de conhecer os fatores ambientais que interferem nesta produção. Por interagirem diretamente nos cultivos, competindo por alimento e espaço, os organismos associados aos mexilhões determinam a lucratividade desta atividade, pois aumentam em 20% o custo com a mão-de-obra do produto final e constituem 30% do total da biomassa presente nas estruturas de cultivo. Para contribuir com o conhecimento sobre o ambiente de cultivo do mexilhão P. perna, a equipe do Laboratorio de Aquacultura da UNIVILLE (LAQUA) selecionou dois parques de cultivos para desenvolver o experimento, ambos localizados em São Francisco do Sul, sendo um na praia da Enseada e outro no Saco do Iperoba. Para obtenção do material, três pencas de mexilhões foram coletadas em cada parque. Cada amostra foi pesada, desagregada para separar a fauna associada dos mexilhões e lavada sobre peneiras de 1 mm. Os mexilhões foram contabilizados e pesados e o restante dos organismos associados pesados em conjunto e fixados em solução formalina a 10% para posterior identificação. A temperatura apresentou pouca variação em relação aos pontos de amostragem e a salinidade foi sensivelmente menor no Iperoba, interior da Baia da Babitonga. Apesar do processamento das amostras comprometerem a integridade dos organismos, foram identificados 62 indivíduos pertencentes a 8 filos, 10 classes, 18 ordens e 35 famílias. Na Enseada, os filos dominantes em biomassa foram Arthropoda, Mollusca e Bryozoa e em abundância Arthropoda, Mollusca e Annelida. No Iperoba Mollusca, Arthropoda e Chordata em biomassa e em abundância mantiveram-se os mesmo filos encontrados na Enseada. A biomassa da fauna associada encontrada nas pencas de cultivo representou 25% na Enseada e 10% no Iperoba. O controle dos organismos associados pode contribuir para garantir o bom desenvolvimento dos mexilhões, reduzindo o trabalho para comercialização, melhorando a aparência do produto final e o lucro do cultivo.