Os costões rochosos abrigam uma diversidade de espécies de relevância ecológica e econômica, porem estão sujeitos a vários impactos antrópicos como a coleta de organismos, descargas de efluentes e derramamentos de óleo. Nas regiões sul do Brasil o maior impacto é a exploração dos bancos naturais de mexilhões Perna perna para abastecer os parques de cultivo com indivíduos jovens ou sementes desta espécie, resultando na eliminação de toda a comunidade associada e potencializando a invasão de espécies exóticas. O presente estudo teve como objetivo determinar a composição e estrutura das comunidades dos costões rochosos das ilhas de São Francisco (SC), na área de influencia da Baia da Babitonga e identificar a presença de bioinvasores neste ecossistema. Foram efetuadas coletas no verão e no inverno na ilha da Paz (local exposta da baia da Babitonga), no costão do Forte (área intermediária) e na Ilha da Rita (local abrigado dentro da baia), utilizando um amostrador de 20 x 20 cm. Cada amostra foi triada, pesada, contada e identificado componentes faunístiscos e florísticos. Foram analisadas 25 amostras do verão e 31 do inverno de 2008. Foi identificda uma diferença na biomassa em todos os costões amostrados em relação ao tempo e espaço. Na média, o verão a apresentar valores maiores na biomassa total em relação ao inverno. As áreas internas da baia com influencia da variação da salinidade, apresentam baixa diversidade e, consequentemente, maior dominância. Nos pontos amostrais em local exposto, o costão do Forte e da Sorroroca, onde ocorrem os bancos naturais de mexilhões, apresenta diferenças marcantes e antagônicas nas estações do ano, provavelmente em decorrência do acesso dos maricultores para retirada de sementes de mexilhões ocorrer segundo as condições de acesso. Também, em relação à biomassa, observa-se a dominância da fauna, principalmente, pelos bivalves, com as ostras no interior da baia e os mexilhões nas partes externas sendo estes a matriz das comunidades. A biomassa da comunidade faunística, depois dos mexilhões, os crustáceos, cracas e os gamarideos, foram os organismos mais abundantes principalmente nos locais expostos, onde também a diversidade foi maior. Identificou-se uma grande diversidade de macroalgas com destaque pela frequência os gêneros Ulva, Jania e Centroceras e com a biomassa variando em cada local e estação do ano. As espécies exóticas identificadas foram o bivalve Isognomum bicolor e o cirripédio Megabalanus cocopoma, ambos com numero reduzido no interior