Sons de origem antrópica podem ter efeitos em diferentes níveis na vida dos organismos que ocupam o ambiente marinho. A baía da Babitonga é um importante refúgio para as populações de Pontoporia blainvillei e Sotalia guianensis no sul do Brasil. Ao mesmo tempo, a área é intensamente utilizada para o desenvolvimento de atividades humanas que produzem ruído no ambiente aquático. Este trabalho teve como objetivo caracterizar algumas fontes de poluição sonora no ambiente da Baía da Babitonga. Para o registro dos sons foi utilizado um hidrofone modelo C-53 (Cetacean Research Technology), com alcance de 15 Hz a 60 kHz, e um gravador analógico Sony modelo TC-D5M, com alcance de 0 a 19 kHz. A distância da fonte sonora no momento da gravação foi medida através de um rangefinder (Nikon Laser Rangefinder) com alcance de até 1.372 metros. As gravações foram realizadas em boas condições de mar, com Beaufort de 0 a 2, e com o hidrofone posicionado entre 2 e 4 metros de profundidade. A gravação de cada fonte teve duração aproximada de 5 minutos e os arquivos foram analisados no programa Avisoft 4.2. Os barcos de pequeno porte, com motor variando de 4 a 40 Hp, apresentaram freqüência média entre 3,4 e 4,4 kHz. A balsa de transporte apresentou freqüência máxima de 28,9 kHz. As atividades de dragagem produziram ruídos com freqüência máxima de 25,4 kHz. O ruído de fundo porto de São Francisco do Sul atingiu freqüência máxima de 22 kHz. As áreas de concentração de P. blainvillei e S. guianensis na baía situam-se na região central, onde ocorre com maior intensidade o tráfego de lanchas de passeio e de pesca. As áreas com fontes sonoras de freqüência mais elevada e de maior constância, como o porto e a rota da balsa de passageiros, não foram utilizadas pelos cetáceos. A freqüência registrada para as principais fontes de poluição sonora no estuário sobrepõe o nicho acústico utilizado por ambas as espécies de pequenos cetáceos, que apresentam populações residentes na área. Desta forma, é provável que os ruídos de origem antrópica estejam interferindo diretamente no sistema de comunicação destes organismos, entre outros efeitos de caráter biológico e comportamental.