Os decápodes portunídeos são um importante grupo de organismos para a pesca e a facilidade de captura os torna a base alimentar de muitas famílias em regiões costeiras. Entretanto, nos últimos anos esse recurso vem se tornando escasso, com decréscimo das populações e principalmente redução do tamanho dos organismos para o consumo. Na Baía da Babitonga, não se sabe exatamente como essas espécies são exploradas e assim foram estudados os portunídeos na praia da Figueira, Vila da Glória e ilha Tal Sul e sua relação com o sedimento e biomassa fitoplanctônica. Coletas mensais foram realizadas nesses locais entre março e novembro de 2008 para captura de siris com puçás e arrasto de redes duplas com portas a partir de embarcação. Os exemplares foram identificados e determinados o sexo, a largura do cefalotórax, o peso e a maturação. Amostras de sedimento foram coletadas para análises das porcentagens de carbonato de cálcio e matéria orgânica. A clorofila a foi determinada por fluorimetria. Em geral as concentrações de CaCO₃ e M.O. foram mais elevadas na Vila da Glória. A concentração de clorofila a variou entre os pontos, tendo sido em geral maior na área de Vila da Glória ao longo dos meses. As espécies registradas nos puçás foram Callinectes danae, C. ornatus, C. sapidus e Charybdis hellerii, destas ocorreram nos arrastos C. danae e C. ornatus. O sir-mirim ou azul C. danae foi a espécie mais abundante entre os portunídeos capturados. Desta espécie ocorreram mais fêmeas maduras e ovígeras na Figueira e machos maduros na Vila da Glória. A ocorrência das fêmeas ovígeras e maduras na desembocadura da baía pode estar relacionada com o período de eclosão das larvas, enquanto a presença dos machos na Vila da Glória com uma condição mais enriquecida, verificada através dos teores mais elevados de M.O. e CaCO₃ no sedimento e de clorofila a na coluna d’água. No caso da Vila da Glória, os machos ocorrem no local em número mais elevado devido à maior disponibilidade de alimento. Assim, conforme os resultados, a área estudada é utilizada como local de desovas e alimentação, corroborando com o fato destes organismos desenvolverem as fases de vida em um ciclo que envolve o estuário e o mar aberto. O trabalho gerou importantes informações sobre a área e os organismos alvo, porém é necessário ampliar-se os estudos.