Da mesma forma que os recursos hídricos superficiais, as águas subterrânea também contribuem com descargas dos continentes diretamente para o oceano, sempre que um aqüífero costeiro estiver interligado com o fundo mar. As Descargas de Águas Subterrâneas (SGDs) são consideradas um fluxo de água em margens continentais, independente da composição do fluido ou da força direcionadora. Por isso sua composição pode variar, podendo ser água doce descarregando no fundo do oceano, água de maré recirculada ou uma combinação dessas duas, as quais poderão reagir com elementos presentes nos sedimentos, aumentando consideravelmente as concentrações dos nutrientes, carbono e dos metais nesses fluidos. Desta maneira, as SGDs tornam-se uma fonte de constituintes importantes do ponto de vista biogeoquímico para zona costeira. Metodologias gráficas e estatísticas são utilizadas para classificar amostras de água em grupos homogêneos. O Hydrowin software utilizado neste projeto, usa equações termodinâmicas para classificar as águas em diferentes tipos e portanto, pode ser utilizado para analisar as interações químicas de águas de diferentes origens. O mesmo simula reações químicas e processos de transporte em águas naturais ou poluídas, calculando índices de saturação e a distribuição de espécies aquosas. A partir das coletas de água de água superficiais, de fundo e subterrâneas em uma malha cobrindo o complexo hídrico da Baía da Babitonga e tabulação dos dados verificaram-se registros de inversões de salinidade – propriedade que tem relação direta com a condutividade elétrica – na coluna d’água em alguns pontos dentro da Baía. O tratamento termodinâmico dos dados químicos define as águas coletadas ora como subsaturadas (amostras: babi 1F; babi 1S; Cach 1; Cach 2; Cach 4; Cach 5F; Cach 5S; Cub 1; Cub 5F; Cub 5S; Ling; Pal 1) ora como saturadas ou supersaturadas (amostras: babi 2; babi 3F; babi 3S; babi 4F; babi 4S; babi 5F; babi 5S; babi 6F; babi 6S; babi 7F; babi 7S; babiFbis; babiSbis; Mare; Pal 2) com relação à calcita. Os dados das amostras quando colocados no Hydrowin, apontam para áreas de maior risco de contaminação (babi 1F; babi 1S; Cach 1; Cach 2; Cach 4; Cach 5F; Cach 5S; Cub 1; Cub 5F; Cub 5S; Ling; Pal 1), devido à tendência de biodisponibilidade de compostos dissolvidos nas águas. Anomalias nos pontos BabiS bis e BabiF bis, que sugerem SGD não foram observados através do SI_calcita (Índice de Saturação da Calcita) e novos parâmetros deverão ser testados para verificar possíveis mudanças geoquímicas.