A atividade de dragagem é uma das perturbações antropogênicas mais comuns em ambientes marinhos de substrato inconsolidado. A dragagem para uso de areia em construções, reposição de terra e a recuperação de praias tem se tornado um ramo importante na indústria e vem crescendo nas últimas décadas, tornando o processo de licenciamento ambiental mais exigente. O sedimento em áreas de dragagem é muitas vezes completamente defaunado e os impactos decorrentes da extração de areia em longo prazo são geralmente específicos para cada local e difíceis de prever. Outro efeito evidente é a suspensão de material particulado na coluna d’água, que reduz a radiação fotossintética disponível, tornando-o um sistema limitado por luz, afetando a biomassa planctônica. O presente trabalho visa determinar as variações dos parâmetros d’água, sedimento, macrofauna bentônica e plâncton em três áreas no canal do Palmital. As amostras foram obtidas próximo à desembocadura do rio Cubatão (P2), local onde ocorre a extração de areia e à sua montante (P1) e jusante (P3), consideradas áreas onde não ocorre essa atividade. Os valores de clorofila a não apresentaram uma variação expressiva entre os pontos, com média de 13,14 µg/L. O biovolume zooplanctônico decresceu a montante, apresentando o maior valor em P3, com 20 mL/arrasto. Polychaeta contribuiu com a maior densidade dos organismos macrobentônicos através de Polydora websteri em P2. O sedimento em P2 apresentou maior proporção de cascalho, com o acúmulo de areia e silte, além da presença de vários tubos de P. websteri, enquanto os demais pontos apresentaram uma fauna empobrecida. As características de P2 em relação a P1 e P3 indicam uma possível interferência no sedimento, reforçada por relatos locais, onde a jazida de areia em P2 foi bastante explorada em anos anteriores. Entretanto, os resultados encontrados fornecem informações preliminares sobre este ambiente ainda pouco estudado e onde foram visualizadas embarcações em plena atividade de extração de areia nessa porção do Canal do Palmital.