O complexo hídrico da Baía da Babitonga tem cerca de 160Km² e está localizado na região nordeste do estado de Santa Catarina. Em seu interior ocorrem 24 ilhas, cuja beleza cênica contribui de forma consistente com o turismo regional. A vegetação é composta por Floresta Ombrófila Densa de Terras Baixas, Restinga e Manguezal. Por meio do projeto “Ilhas da Babitonga – diversidade em ecossistemas insulares, sua composição florística tem sido estudada desde 2004. O objetivo deste trabalho foi conhecer a diversidade de angiospermas, samambaias e licófitas de ocorrência insular. Foram coletadas amostras em 19 das 24 ilhas da Baía da Babitonga: Alvarenga, Araújo de Dentro, Araújo de Fora, Araújo do Meio, Barcos, Cação, Claras, Corisco, Flores, Grande, Guaraqueçaba, Herdeiros, Mandigituba, Maracujá, Murta, Papagaios, Queimada, Redonda e Rita. Foram realizadas coletas de plantas férteis mensalmente ao longo de 6 anos, totalizando 60 excursões. Todo o material foi incorporado ao acervo do herbário JOI, da Universidade da Região de Joinville. Foi registrada a ocorrência de 94 famílias botânicas, sendo 80 de angiospermas, 13 de samambaias e uma de licófitas. As famílias mais diversas entre as angiospermas foram: Asteraceae com 52 espécies, Orchidaceae, 34 espécies e Fabaceae com 28 espécies, esta se destacando como a família mais amplamente distribuída, ocorrendo em todas as 19 ilhas. Algumas das espécies mais frequentes foram: Schinus terebinthifolia Raddi (Anacardiaceae), Tillandsia stricta Sol. ex Sims (Bromeliaceae) e Laguncularia racemosa (L.) C.F. Gaertn. (Combretaceae). Entre as samambaias destacou-se a família Polypodiaceae com 14 espécies presentes em 14 ilhas, Polypodium L. como o gênero com maior número de espécies e Rumohra adiantiformis (G. Forst.) Ching (Dryopteridaceae) como a espécie com maior distribuição (presente em 15 ilhas). As licófitas estão representadas apenas por Lycopodiella cernua (L.) Pic. Serm (Lycopodiaceae) presente em uma ilha. A Ilha Grande apresentou a maior diversidade, com 155 espécies pertencentes a 60 famílias botânicas. As informações obtidas por meio deste levantamento florístico constituem-se em dados relevantes para o conhecimento da flora regional, ainda pouco estudada.