Senna multijuga (Rich.) Irvin et Barn. (Fabaceae - Cesalpinoidae) é uma árvore rústica e pioneira de ocorrência em quase todo o país, principalmente na Floresta Ombrófila Densa; podendo ser utilizada em recuperação de áreas degradadas e na ornamentação de áreas públicas. Estudos indicam que esta espécie apresenta alcalóides piridínicos e flavonóides, ambos de interesse para a indústria farmacêutica. Este trabalho teve por objetivos descrever a estrutura do caule e folha de Senna multijuga e pesquisar compostos secundários existentes nesses órgãos. Amostras de caule e folhas jovens, a cerca de 60 cm do ápice, foram obtidas de árvores que ocorrem no Jardim Botânico da UNIVILLE, Joinville – SC, seccionadas à mão livre e submetidas a técnicas usuais em microscopia para verificar seus aspectos estruturais. Testes histoquímicos foram realizados para evidenciar os compostos secundários. Os folíolos da folha pinada apresentam-se hipoestomáticos, com estômatos paracíticos, epiderme com células papilosas, muitos tricomas tectores e raros glandulares na face abaxial; e células achatadas na face adaxial. O mesofilo é bifacial, com células secretoras e idioblastos contendo drusas, cristais prismáticos ou grãos de amido próximos aos feixes vasculares. No caule jovem a epiderme apresenta tricomas tectores, córtex com oito a dez camadas de células circundando o floema e xilema primários, limitando uma ampla medula. Compostos fenólicos gerais foram observados em vários tecidos. Taninos ocorrem no parênquima clorofiliano da folha e no caule, flavonóides concentram-se nos tricomas tectores, alcalóides ocorrem no floema tanto no caule como na folha, compostos lipídicos foram observados na porção adaxial da epiderme foliolar. Embora tenha sido realizada a histolocalização dos compostos secundários com atividade biológica comprovada, bem como dos compostos fenólicos gerais, taninos, compostos lipídicos e amido, sugere-se a condução de novos estudos para conhecer a fenofases nas quais os metabólitos secundários da espécie são produzidos, para otimizar sua extração.