O Projeto Aves teve como principais objetivos o levantamento das espécies que ocorrem no estuário da Baía da Babitonga e litoral adjacente, a identificação de áreas importantes para a avifauna e variações sazonais de abundância e diversidade. As amostragens foram conduzidas ao longo de 3 anos, entre fevereiro de 2007 e janeiro de 2010. Foram utilizados diferentes métodos para a coleta de dados e diferentes áreas foram avaliadas. Três grandes regiões do estuário (canal de acesso, Linguado e Palmital) foram amostradas através de transecções de barco ao longo das margens da baía. Amostragens de ponto fixo, realizadas ao longo do dia com varreduras a cada 10 minutos, ocorreram nas planícies de maré formadas na desembocadura dos rios Olaria e Alvarenga. Transecções a pé foram realizadas na coroa do Capri, na praia do Forte e na desembocadura da laguna do Acaraí. Para todas as amostragens foram registradas as espécies, número de indivíduos e habitat utilizado (vegetação, área alagada e área exposta). Foram registradas 62 espécies de aves, distribuídas em 27 famílias e 9 ordens. A avifauna da região inclui aves tipicamente marinhas (n = 6); aves aquáticas de hábitos costeiros (n = 30); aves migratórias, tanto do sul do hemisfério sul (n =2) como do hemisfério norte (n = 15); e aves de ambiente de borda, em geral passeriformes (n = 9). Dentre as praias, a praia do Forte apresentou a maior diversidade, provavelmente associada a presença de diferentes habitats. As planícies de maré dos rios Olaria e Alvarenga apresentaram comunidades semelhantes, representadas principalmente por espécies mais tolerantes a presença humana. Contudo, a planície do Capri destacou-se como área relevante para a alimentação e descanso das espécies migratórias neárticas, assim como área de descanso para as espécies marinhas. Considerando as regiões do estuário, o Linguado apresentou a maior diversidade a abundância. Foram observados indícios de que pelo menos 6 espécies de aves aquáticas reproduzem no interior da baía (Nycticorax mycticorax, Nyctanassa violacea, Phimosus infuscatus, Egretta caerulea, Ardea cocoi e Egretta thula) e três nos ambientes de praia (Haematopus palliatus, Rallus longirostris e Athene cunicularia).Os dados indicam a importância da Baía da Babitonga como área de alimentação para as aves marinhas, que reproduzem nas ilhas costeiras adjacentes; como refúgio e área de alimentação para as espécies migratórias; como área de alimentação e reprodução para muitas espécies aquáticas/costeiras.