O estudo das associações da macrofauna bentônica de fundos inconsolidados tem grande relevância ecológica em ecossistemas aquáticos estuarinos. Esses organismos contribuem com a degradação da matéria orgânica, são alimentos para os níveis tróficos superiores e são comumente utilizados como indicadores dos gradientes de variação de um estuário. Existem poucas informações sobre as comunidades macrobentônicas sublitorais dos canais do Palmital e do Linguado, que correspondem ao setor interno da Baía da Babitonga e estão orientados a NW e SE respectivamente. Esses canais são considerados importantes vias da matéria oriunda do aporte de drenagem continental da região. O objetivo do trabalho foi determinar a composição e a dominância dos organismos macrobentônicos no sublitoral inconsolidado nos canais do Palmital e do Linguado. Amostras da macrofauna foram coletadas em cinco pontos no Canal do Palmital e em seis pontos no Canal do Linguado a uma profundidade média de 6 metros. O material retido em uma peneira 500 µm foi triado em microscópio estereoscópio e os organismos conservados em frasco com formalina 10% neutralizada e posteriormente identificados. Amostras de sedimentos foram coletadas para determinar as concentrações de matéria orgânica e carbonato de cálcio. A salinidade e a temperatura da água foram determinadas com um multianalisador Horiba. Em geral as porcentagens de matéria orgânica e carbonato de cálcio foram superiores no Canal do Linguado quando comparadas às do Palmital. A salinidade variou de 17,6 a 25,6 no Canal do Palmital e de 25,8 a 28,3 no Canal do Linguado. A temperatura variou entre 22,2 e 23,4ºC no Palmital e 20,9 e 22,7ºC no Canal do Linguado. Polychaeta foi o grupo dominante nos canais do Palmital e do Linguado, com 92 e 94% respectivamente. Os táxons que apresentaram maior densidade no Palmital foram Scoloplos sp. (14,5%), Parandalia tricuspis (13,8%), Nothria sp. (11%), Dispio sp. (9%) e Owenia sp. (6,5%); e no Canal do Linguado dominaram Polydora sp. (65,3%), Magelona sp. (5,5%), Parandalia sp. (5%) e Poecilochaetus sp. (4,5%). O maior número de táxons no Canal do linguado, representado pelo poliqueta Polydora sp., pode estar relacionado com a maior disponibilidade de matéria orgânica e carbonato de cálcio. Entretanto, o decréscimo do número e da abundância dos táxons no Canal do Palmital pode estar associado a menores valores de salinidade. Apesar dessas observações, as análises são preliminares e representam dados parciais relacionados às comunidades macrobentônicas dos canais estudados.