Os ecossistemas costeiros bentônicos são um dos ambientes marinhos mais produtivos do planeta e apresentam organismos de grande importância ecológica e econômica. As algas são importantes produtores primários e base da cadeia trófica marinha. Este trabalho se propôs a conhecer a diversidade de macroalgas marinhas encontradas nos costões rochosos da Ilha da Rita (26º15’4.76”S e 48º42’27.42”O), Velha (26º10’53.66”S e 48º29’19.00”O) e Tamboretes do Sul (26º23’11.06’S e 48º31’29.94’O), localizadas em São Francisdo do Sul, durante os anos de 2010 e 2011. O levantamento da ficoflora das Ilhas da Velha, Rita e Tamboretes do Sul, se baseou em duas coletas em cada ilha, uma no período de primavera-verão e outra no período de outono-inverno. A metodologia consistiu em lançar aleatoriamente, por 10 vezes, um quadrat de 15 x 15 cm nos costões. O quadrat possuia 100 pontos de intersecção delimitados por fios de nylon e a contagem foi realizada em trinta pontos. Foram estimadas as densidades das algas através da porcentagem de cobertura nos trinta pontos em cada um dos quadrats. As macroalgas foram coletadas com auxilio de espátulas, armazenadas em recipientes de acrílico ou sacos plásticos, identificadas com data e local de coleta e a seguir foram levadas até o laboratório de microscopia da UNIVILLE para posterior triagem e fixação em solução de formalina 4%. Dados abióticos de temperatura do ar e da água foram obtidos através de termômetro. Foram identificadas vinte e três espécies de algas nas três ilhas, a grande maioria delas pertencentes ao filo Rhodophyta (14 espécies), seguido por Chlorophyta ( 6 espécies) e por último as Phaeophyceae (3 espécies). A Ilha Velha, localizada fora do estuário, tendo maior influência marinha e atuação hidrodinâmica, apresentou maior riqueza de espécies. Esta ilha apresentou espécies exclusivas. Na ilha de Tamboretes do Sul, a segunda em número de especies, além das algas pardas filamentosas, tufos de algas verdes, dominadas por Ulva sp. foram bastante abundantes. A grande quantidade de sedimentos presente na Ilha da Rita, pode ter contribuído para que a riqueza de espécies nesse local fosse inferior à riqueza das outras duas ilhas estudadas. O presente estudo constitui o primeiro levantamento de macroalgas marinhas dos costões rochosos em Ilhas de São Francisco do Sul, fornecendo dados para monitoramentos e manejo do ecossistema local. Dados complementares ainda serão obtidos, pois a pesquisa e os estudos estão em andamento.