Algumas espécies de aves aquáticas formam colônias reprodutivas, conhecidas também como ninhais ou garçais. Na época reprodutiva, vários casais constroem os ninhos próximos uns dos outros, sobre árvores e arbustos, em manguezais, campos inundáveis e ilhas de mata. O objetivo deste estudo foi identificar os locais, as espécies de aves aquáticas e descrever aspectos reprodutivos de duas colônias reprodutivas na Baía da Babitonga, litoral norte de Santa Catarina. Durante o período de agosto de 2010 a março de 2011 foram coletadas informações sobre aspectos da ecologia reprodutiva de aves aquáticas na ilha do Maracujá, e de agosto de 2011 a março 2012 foram coletadas as mesmas informações no manguezal do rio Pedreira. Foram realizadas visitas semanais em cada colônia e para o monitoramento dos ninhos foi utilizado um espelho fixado a uma haste de alumínio telescópica. Pelo menos cinco espécies foram encontradas reproduzindo na ilha do Maracujá (Nycticorax nycticorax, Nyctanassa violacea, Egretta caerulea, Phimosus infuscatus e Aramides cajanea) e pelo menos outras 15 espécies utilizam o local para alimentação e descanso. No total 154 ninhos ativos foram encontrados, sendo 79 ninhos de Nycticorax nycticorax, 14 de Nyctanassa violacea, 6 de Phimosus infuscatus, 5 de Egretta caerulea e apenas 1 de Aramides cajanea. Em 49 ninhos não foi possível identificar a espécie. A população estimada para o local foi de 308 indivíduos reprodutores, sendo que N. nycticorax foi a espécie mais abundante, correspondendo a 51% dos ninhos. No rio Pedreira foram registradas três espécies de aves aquáticas se reproduzindo (Nyctanassa violacea, Egretta thula e Egretta caerulea), e outras 39 espécies de aves foram observadas no local. No total foram encontrados 219 ninhos, sendo 67 de Nyctanassa violacea e 152 ninhos das duas espécies de garças (Egretta thula e Egretta caerulea), dos quais não foi possível diferenciar devido a semelhança. A população reprodutiva foi estimada em 438 indivíduos. Uma terceira, e maior colônia reprodutiva da Baía da Babitonga, foi encontrada numa área de manguezal na lagoa do Saguaçu. Neste local foram registradas sete espécies de aves aquáticas se reproduzindo (Nycticorax nycticorax, Nyctanassa violacea, Bubulcus ibis, Egretta thula, Egretta caerulea, Eudocimus ruber e Plegladis chihi), entretanto o estudo da biologia reprodutiva destas espécies será realizado futuramente. A continuidade dos estudos na região e o monitoramento destas colônias reprodutivas deverão contribuir para o melhor conhecimento de cada espécie e nortear ações de uso e principalmente a proteção.