A toninha (Pontoporia blainvillei) é um pequeno cetáceo endêmico do Atlântico Sudocidental. A espécie é ameaçada de extinção sendo a captura acidental em redes de pesca a maior causa da mortalidade. Conhecer os padrões de ocupação de uma população é determinante para a elaboração de estratégias de conservação. O método de fotoidentificação, através de marcas naturais para muitos cetáceos, possibilita o acompanhamento de forma não invasiva. O objetivo deste trabalho foi calcular a frequência de avistamento e o tamanho da área utilizada pelas toninhas na Baía da Babitonga. A área de estudo está localizada nas coordenadas 26°15’S e 48°41’W, no sul do Brasil. A coleta de dados foi ocasional de fevereiro a maio de 2011 e semanal de setembro de 2011 a junho de 2012. Foi utilizada uma embarcação a motor e as imagens foram obtidas com uma máquina fotográfica digital Canon EOS 7D de 19 megapixels e lente zoom de 100-400mm. As buscas foram feitas nas áreas de maior concentração de toninhas dentro do estuário e o esforço foi direcionado para fotografar a nadadeira dorsal dos indivíduos em ângulo perpendicular ao fotógrafo. Para cada grupo fotografado foram registradas as coordenadas com GPS. A frequência de avistamento foi expressa em percentual pelo cálculo: meses de avistagem / total de meses de esforço * 100. As áreas foram estimadas para as toninhas que tiveram ao menos cinco registros em dias diferentes, utilizando o método do Mínimo Polígono Convexo no programa ArcGIS 10. Com um esforço de cento e dezesseis horas, foram obtidas 30.511 fotos, sendo 3.557 de boa qualidade (11,6%), permitindo a identificação de 21 toninhas. A frequência de avistamento variou de 7,7% a 92,3%, sendo que 38,09% dos indivíduos identificados tiveram frequência superior a 50%. O tamanho das áreas foi calculado para 11 toninhas, variando de 0,7 a 9,8 km². Ao se considerar todos os registros da população obteve-se uma área de 19,86 km², o que representa 12,41% da área da baía. É necessário ampliar os esforços para obter uma amostragem mais homogênea da baía, pois se acredita que estas áreas estejam subestimadas. Os resultados indicam que as populações de P. blainvillei apresentam elevada fidelidade e áreas de uso restritas. São necessárias medidas de gestão das atividades de pesca e trafego de embarcações no local, visando à conservação desta população e este trabalho tem a contribuir neste processo.