O aumento populacional e produtivo vem alterando irreversivelmente as características da Mata Atlântica, na qual está inserida a Bacia Hidrográfica do Rio Cubatão, que também tem sofrido com as atividades industriais e o desmatamento não controlado. Este estudo buscou conhecer a flora vascular, especialmente da família Myrtaceae Adans na Bacia Hidrográfica do Rio Cubatão, em Joinville/ SC. Foram delimitados e georrefenciados quatro pontos ao longo da bacia, segundo o grau de conservação da vegetação. As coletas ocorreram no Morro do Finder, Condomínio Perini Business Park, Empresa Franke do Brasil, e área de preservação permanente da Prefeitura Municipal de Joinville, à Rua Hellmuth Miers, em Pirabeiraba. Amostras de plantas férteis foram coletadas e encaminhadas ao herbário Joinvillea, para herborização. A identificação foi realizada por comparação com exsicatas do acervo, consulta à literatura específica e auxílio de especialistas. Até o momento, foram identificadas 79 espécies, pertencentes a 42 famílias botânicas. As famílias mais encontradas foram Melastomataceae (10 espécies), Bromeliaceae e Piperaceae (8 espécies), além de Myrtaceae e Rubiaceae (6 espécies). Dentre as Myrtaceae identificadas destacam-se cinco espécies. 1) Myrceugenia myrcioides (Cambess.) O.Berg, encontrada com mais frequência na Empresa Franke (4 exemplares) e no Morro do Finder (2 exemplares); essa planta floresce durante os meses de março, abril, maio, junho e julho, os frutos amadurecem de setembro em diante. 2) Eugenia pseudomalacantha D.Legrand, coletada na empresa Franke (3 exemplares), é árvore exclusiva da mata pluvial da vertente atlântica do Estado de SC e floresce em junho e julho. 3) Eugenia burkartiana (D.Legrand) D.Legrand., coletada na área da Prefeitura Municipal (2 exemplares), que floresce durante os meses de janeiro, fevereiro, março, abril e maio, amadurecendo os frutos em agosto e outubro. 4) Marlierea tomentosa Cambess. (1 exemplar), distribuída do norte de Santa Catarina até o Paraná, e litoral do Rio de Janeiro, na mata pluvial da encosta atlântica. 5) Calyptranthes strigipes O.Berg coletada na Empresa Franke (2 exemplares), árvore que floresce durante os meses de janeiro e fevereiro. Dentre as 14 amostras de Myrtaceae coletadas, cinco foram identificadas apenas como pertencentes a esta família botânica e duas identificadas apenas pelo gênero Myrcia DC., um dos mais representativos da família, apresentando cerca de 400 espécies. A família botânica em estudo é bem distribuída pelo estado, e foi encontrada em todas as áreas amostradas. Talvez não tenha havido grande número de amostras coletadas, pois as plantas não se encontravam férteis à época da realização deste estudo.