A madeira como matéria prima devido às suas propriedades estruturais, mecânicas e organolépticas há muito tempo tem sido utilizada na construção de um vasto conjunto de obras, elementos arquitetônicos e objetos que podem representar a diversidade de culturas, heranças e períodos históricos, sendo um elemento de desenvolvimento das sociedades humanas. As construções históricas e ruínas das edificações da base naval construída na Ilha da Rita, pela marinha brasileira durante a Segunda Guerra Mundial, preservam diversos elementos construtivos produzidos em madeira. Objetivou–se com este trabalho identificar por meio da anatomia do lenho as espécies arbóreas usadas na produção de peças em madeira presentes nas referidas construções. Amostras de madeira foram retiradas de 23 estruturas arquitetônicas, obtidas da casa do Capitão e das ruínas das dependências dos navais. Cortes histológicos foram feitos para a confecção de lâminas permanentes. Seguiu-se a terminologia da IAWA Committee para a descrição anatômica. Por meio de comparações em coleções de referência (JOIw, BCTw/IPT), literatura especializada e a base de dados Inside Wood realizou-se as descrições anatômicas. Os estudos comparativos apontam duas espécies arbóreas da região sul compondo as estruturas arquitetônicas: o pinheiro-do-paraná (Araucaria augustifolia (Bert.) Kuntze. - Araucariaceae)e a canela (tipo Ocotea/Nectandra - Lauraceae). Considerando os dados de distribuição geográfica das lauráceas supõe-se que Ocotea porosa (Mez) L. Barroso possa ser o tipo encontrado, por ser uma espécie muito encontrada no passado na região. As espécies arbóreas usadas possuem fustes de grande diâmetro, próprios à elaboração de peças com dimensões adequadas ao uso na construção civil. Os táxons encontrados estão presentes também em peças de diversas construções históricas da região, como casas enxaimel, serrarias e engenhos, o que representa sua abundância no passado, e pode estar associado a atual indisponibilidade desses recursos. Os resultados obtidos possibilitam a criação de ações de conservação e restauro desses bens patrimoniais. Entretanto, essas ações devem alertar ao uso de outras essências em obras de restauro, considerando o atual risco de extinção das espécies empregadas originalmente, ou sua substituição por materiais alternativos e mais resistentes às ações de biodeteriorização.