As aves marinhas e costeiras desempenham um importante papel no fluxo de energia dos ecossistemas costeiros. A coleta de dados foi realizada através do monitoramento direto de colônias reprodutivas. Entre 2011 e 2012 foram identificadas três colônias na Baía da Babitonga: desembocadura do Rio Pedreira (N. violacea, Egretta thula e E. caerulea), Ilha do Maracujá (N. nycticorax, N. violacea e Phimosus infuscatus) e Ilha Jarivatuba (N. nycitocorax, N. violacea, Bubulcus ibis, E. thula, E. caeruela, Eudocimus ruber e Plegladis chihi). Não foram encontradas diferenças significativas quanto à presença de mercúrio total e selênio nas penas de filhotes de N. violacea entre as colônias reprodutivas. As maiores concentrações dos principais compostos organoclorados (∑DDT, ∑PCB e HCB) foram registradas nos ovos coletados da Ilha Jarivatuba, comparados com os da Ilha do Maracujá. O DDT foi constatada em 10 dos 16 ovos analisados. Entre setembro de 2010 e fevereiro de 2011 foi realizado o monitoramento da ilha do Maracujá com o registro de 5 espécies. Foram registrados 154 ninhos, sendo 79 de N. nycticorax, 14 de N. violacea, 6 de P. infuscatus, 5 de E. caerulea e 1 de A. cajanea. A população estimada para o local foi de 308 indivíduos reprodutores, sendo que N. nycticorax foi a espécie mais abundante, correspondendo a 51% dos ninhos. Entre agosto de 2011 e março de 2012 foi realizado o monitoramento do ninhal do rio Pedreira. Foram registrados 210 ninhos, sendo 60 de N. violacea e 150 de Egretta sp. O sucesso de eclosão foi de 50%. A sobrevivência foi maior para N. violacea, com 32%, quando comparada a Egretta sp., com 24%. O levantamento da aves que ocorrem no Arquipélago das Graças foi realizado entre julho de 2011 e junho de 2012 através de visitas quinzenais. As aves mais abundantes foram Larus dominicanus, Fregata magnificens, Sula leucogaster, Coragyps atratus e Haematopus palliatus. Em três ilhas foi registrada a reprodução de S. leucogaster e L. dominicanus: ilha do Veado, do Pirata e Mandigituba. A colônia da ilha Mandigituba, formada apenas por L. dominicanus, foi monitorada em 2012 por meio de visitas semanais. A temporada iniciou em julho e se estendeu até novembro. Os ovos iniciaram em agosto e os filhotes começaram a nascer em setembro. Foram registrados 270 ninhos, 522 ovos e 184 filhotes. As informações levantadas poderão contribuir para uma melhor gestão dos ecossistemas costeiros locais, visando a conservação destas espécies.