Laguna é um corpo d´água raso, que em geral mantém uma comunicação restrita com o mar e é considerado um ambiente importante para a manutenção da biodiversidade dos ecossistemas. Em sua maioria, abrangem dunas, manguezais, banhados, sítios arqueológicos e vegetações de restinga. A laguna Acarai destaca-se como o principal corpo d’água na ilha de São Francisco do Sul, Santa Catarina e se estende no sentido SO-NE. O trabalho determinou a composição e a abundância da macrofauna bentônica nos setores interno (IS) e externo (ES) da laguna Acarai. As amostragens foram realizadas em junho de 2014 e em cada setor da laguna foram estabelecidos três pontos e em cada ponto foram coletadas três amostras da macrofauna bentônica e uma amostra do sedimento com o auxílio de um busca fundo Petersen (área: 0,06 m²). Foi determinada a porcentagem de matéria orgânica do sedimento e calculados os valores médios por setor. Os organismos foram fixados em formalina 10%, separados, identificados e quantificados. Em cada ponto foram determinadas a temperatura, a salinidade, o pH, o oxigênio dissolvido com uma sonda Hanna e calculados os valores médios por setor. No IS a salinidade foi de 10,7, a temperatura de 19,8 ºC, o pH de 7,1, 53,2% de oxigênio dissolvido e 31,1% de matéria orgânica. No ES a salinidade foi de 28,9, a temperatura de 19,8 ºC, o pH de 8,3, 68,7% de oxigênio dissolvido e 5,1% de matéria orgânica. Os táxons mais representativos nos setores foram o poliqueta Paraprionospio sp. (12,1 inds./0,06m2), seguido dos poliquetas Heteromastus sp. com 5,1 inds/0,06m2 e Capitella capitata com 3,8 inds./0,06m2. No ES dominaram Paraprionospio sp. com 21,9 inds./0,06m2, Heteromastus sp. com 10,2 inds./0,06m2 e Capitella capitata com 5,5 inds./0,06m2. No IS dominaram Paraprionospio sp. com 2,2 inds./0,06m2, um Oligochaeta da família Tubificidae com 0,2 inds./0,06m2 e Sigambra grubei com 0,1 inds./0,06m2. O ES foi caracterizado por valores elevados de salinidade, pH e oxigênio dissolvido, mas a concentração de matéria orgânica aumentou no IS. Nessas condições ambientais, a macrofauna do ES foi mais numerosa, com a redução da densidade de Paraprionospio sp. no IS. Os táxons se alternaram com a dominância de Heteromastus sp. e C. capitata no ES e no IS dominaram Tubificidae e S. grubei. Ambientes com elevada concentração de matéria orgânica e decréscimo da salinidade tendem a abrigar uma fauna mais empobrecida, ao contrário da fauna que habita ambientes sob maior influência marinha.