A toninha, Pontoporia blainvillei, é um pequeno cetáceo endêmico da costa leste da América do Sul e está ameaçado de extinção. O boto-cinza, Sotalia guianensis, distribui-se ao longo da costa leste das Américas do Sul e Central. O estudo da fauna parasitária de cetáceos contribui para identificar os aspectos biológicos e ecológicos de seus hospedeiros. O objetivo deste trabalho foi identificar a fauna parasitária intestinal de P. blainvillei e S. guianensis do norte do Estado de Santa Catarina e verificar se há diferença de infestação e prevalência entre os indivíduos coletados no interior da Baía da Babitonga em relação aos coletados na região costeira adjacente. Os intestinos foram retirados de espécimens encontrados mortos entre os anos de 2000 e 2014 e estavam tombados no Acervo Biológico Iperoba da UNIVILLE. Para as toninhas todo o intestino grosso foi triado, enquanto o delgado foi seccionado em cinco partes iguais, sendo que cada parte foi subdivida em três e analisada a primeira porção de cada parte. Para os botos o intestino foi dividido em três partes iguais e analisado por completo. Os intestinos foram abertos com uma tesoura em uma bandeja e o conteúdo retido em uma peneira com malha de 150µm e analisado em lupa e microscópio a fim de separar, contar e identificar os parasitos. Foi analisada a prevalência e a intensidade média de infestação para cada espécimen de cetáceo e de parasitos separadamente. Foram analisados 42 intestinos, sendo 23 de toninha (13 da Baía da Babitonga e 10 da região costeira) e 19 de botos-cinza (17 da Baía da Babitonga e 02 da região costeira). Para a toninha foi registrada apenas o parasito Synthesium pontoporiae, (Trematoda). Os indivíduos da região costeira adjacente apresentaram maior intensidade média de infestação, com 87,1 parasitas/toninha, e maior prevalência, com 80% da amostra parasitada. Já as da Baía apresentaram intensidade média de infestação de 10,8 parasitas/toninha e prevalência de 46,2% da amostra parasitada. Para S. guianensis foram identificados parasitos trematódeos e acantocéfalos nas duas localidades. Os botos da Baía apresentaram intensidade média de infestação de 5,7 trematódeos/boto e 0,18 acantocéfalos/boto com prevalência de 76,5% da amostra parasitada. Já os botos da região costeira adjacente apresentaram intensidade média de infestação de 485,5 trematódeos/boto e 40 acantocéfalos/boto, com prevalência de 50% da amostra parasitada. Os índices parasitológicos indicam que dentro da baía os botos-cinza e as toninhas estão menos propensos a infestações parasitárias.