Os combustíveis fósseis que são queimados em grande escala em todo o planeta apresentam um dos grandes desafios da humanidade. Na combustão incompleta de combustíveis fósseis pode-se formar compostos cujas características sejam tóxicas, onde muitas delas são descritas como mutagênicas, carcinogênicas e teratogênicas. O Éter metil-terc-butílico (MTBE) trata-se de um composto químico que é produzido pela reação química do metanol e isobutileno, com a fórmula molecular C5H12O. Esse trabalho teve como objetivo avaliar a toxicidade das emissões da queima de diesel S10 e misturas com MTBE. Como metodologia, foi realizada a combustão de cada uma das amostras em um motor estacionário de ciclo diesel de 4,2 cv. As amostras continham 0%, 2%, 4% e 6% de MTBE, onde uma coluna de absorção, conectada ao escapamento solubilizava os gases provenientes da combustão solubilizava os gases após um tempo de 10 minutos de queima, em triplicata. O agente de absorção utilizado na coluna foi água deionizada, fornecida em fluxo contínuo de 30 L/h, diretamente de um deionizador acoplado na parte superior do equipamento, que propiciou um fluxo em contracorrente com os gases de combustão, oriundos do fundo da coluna. O efluente líquido foi posteriormente utilizado para testes de toxicidade com o microcrustáceo de água doce Daphnia magna, de acordo com as normas ABNT vigentes. Nos ensaios de toxicidade aguda com D. magna foram utilizadas concentrações de 0,025%, 0,050%, 0,10%, 0,750%, 1,5%, 3,0% e 5,0% do efluente líquido. As CL50 encontradas foram de 73,74 ± 5,33 mg/L para o diesel S10, 73,76 ± 5,21 mg/L para o diesel S10 com 2% de MTBE, 112,62 ± 0,83 mg/L para o diesel S10 com 4% de MTBE e 66,04 ± 4,84 mg/L para o diesel S10 com 6% de MTBE. Através do teste t de Student, foi possível verificar que há diferenças significativas nas CL50 do efluente líquido provenientes da combustão das misturas com 4% e 6% de MTBE quando comparadas com óleo diesel S10, com valor de p<0,05. Pode-se afirmar que misturas com concentrações em torno de 4% de MTBE adicionadas ao diesel minimizam a toxicidade a D. magna. Sugere-se a realização de novos testes com concentrações em torno desse teor para a obtenção de melhores resultados de efeitos agudos ao microcrustáceo.