Segundo a Organização Pan-Americana de Saúde e a Organização Mundial de Saúde a obesidade infantil apresenta dimensões epidêmicas. Alterações no peso durante a infância podem aumentar substancialmente o risco da criança desenvolver obesidade na vida adulta. A etiologia da obesidade é complexa, envolvendo interações entre fatores comportamentais, ambientais e genéticos. Dentre os fatores genéticos, destaca-se o polimorfismo rs7799039 do gene LEP. O polimorfismo rs7799039 consiste na substituição de uma guanina (G) por uma adenina (A), e está relacionado a variações na concentração sérica da leptina e no estado nutricional. O objetivo deste estudo foi identificar as frequências alélicas e genotípicas do polimorfismo do rs7799039 do gene LEP em recém-nascidos. Trata-se de um estudo transversal, em que os dados fazem parte de um estudo de coorte iniciado em 2012 envolvendo 435 mães e seus filhos (estudo PREDI). As técnicas de PCR-RFLP foram utilizadas para determinar o perfil genotípico da variante polimórfica. A prevalência de GIG foi de 24,4%. Em relação as frequências genotípicas, o genótipo GA foi o mais prevalente (47,8%), e as prevalências dos genótipos GG e AA foram 37,7% e 14,5%, respectivamente. A frequência alélica do alelo "G" foi de 0,62, e do alelo "A" 0,38; semelhante à frequência média mundial. Houve maior prevalência do genótipo GG entre os recém-nascidos GIG (31,2%) quando comparados ao genótipo GA+AA (21,3%), sendo estatisticamente significativa essa diferença (p=0,025). Dessa forma, conclui-se que a variante rs7799039 foi associada ao estado nutricional ao nascer.