No Brasil, temos a presença de 44 espécies de mamíferos marinhos, alguns residentes, outros que visitam nossas águas na época de reprodução. A região do complexo estuarino da Baía Babitonga que apresenta águas calmas que abrangem as cidades de Araquari, Balneário Barra do Sul, Itapoá, Garuva, Joinville e São Francisco do Sul abriga duas espécies residentes de cetáceos, a Toninha (Pontoporia blanvillei) e o Boto-cinza (Sotalia guianensis). Além desses dois pequenos cetáceos, também podemos citar a presença ocasional da Baleia Franca (Eubaleana australis), da Baleia-Minke-Anã (Balaenoptera autorostrata), do Boto-da-Tainha (Tursiops truncatus), do Leão-marinho-do-sul (Otaria flavescens), do Lobo-marinho-subantártico (Arctcephalus tropicalis), do Lobo-marinho-antártico (Arctocephalus gazella) e da Foca-caranguejeira (Lobodon carcinophaga). Com os estudos realizados em sítios arqueológicos pré-coloniais da Baía Babitonga é possível citar a presença de outras espécies de mamíferos marinhos, os quais poderiam frequentar a região na época da construção dos sítios. Este trabalho possui como objetivo analisar, através da literatura, a ocorrência desses animais nos sítios arqueológicos já estudados na região da Baía Babitonga e comparar com as espécies que ocorrem atualmente nesta mesma região. Os resultados preliminares da pesquisa indicam que atualmente se tem registro de 17 sambaquis da Baía Babitonga que apresentaram registros de mamíferos marinhos, podendo ser encontrado vestígios em formato de artefato ou ecofato, tanto de odontocetos como de mysticetos. A produção de artefatos derivados desses animais se mostrou muito diversificada, indicando a relação desses animais com os sambaquianos que viveram na região.