A sustentabilidade é um conceito que teve sua origem na Biologia e na atualidade foi incorporado em diversas áreas para justificar o uso dos recursos naturais pela humanidade. Amparado nesta transversalidade, este estudo buscou interpretar as práticas das sociedades pré-coloniais em relação ao uso dos recursos marinhos do Sambaqui Bupeva II, datado em 2325 ± 25 anos AP. (C 14) e 375 ± 40 anos AP (TL) e localizado no sul da Praia Grande, São Francisco do Sul/SC (região estuarina da Baía da Babitonga). Para atingir o objetivo, estruturas ósseas dos peixes roncador (Conodon nobilis) e robalo (Centropomus parallelus) foram mensuradas e comparadas com estruturas ósseas de peixes atuais, para estimar o comprimento dos peixes pré-coloniais. As interpretações foram amparadas reunindo os resultados das estimativas de comprimento, a ecologia dos ambientes e das espécies, e estudos de etno-conhecimento na região. A média de comprimento do roncador pré-colonial foi maior do que a média de comprimento encontrada no primeiro período de reprodução para a espécie. Seriam os peixes pré-coloniais maiores que os peixes atuais? Os pescadores tinham o cuidado de pescar só peixes adultos? Seria um comportamento Sustentável? O comprimento médio do robalo pré-colonial ficou menor do que o comprimento do primeiro período de reprodução estudado para a espécie. Os peixes eram menores no período pré-colonial? A técnica de pesca utilizada atingia somente peixes pequenos? Os pescadores atuais do entorno da região do sambaqui relatam que o roncador não aparece mais nas redes de pesca, no comércio de pescados é pouco valorizado, a espécie é dependente do estuário na fase reprodutiva. O robalo é valorizado pelos pescadores, no comércio, também é apreciado na pesca esportiva, a espécie é dependente do estuário na fase juvenil. Através dos comprimentos encontrados e ecologia das espécies, podemos inferir que os pescadores utilizavam as águas interioranas para capturar as duas espécies. A diversidade e as águas calmas estuarinas poderiam proporcionar escolhas e facilidade de captura, os pescadores poderiam migrar pelos ambientes para coletar moluscos, pescar, caçar, e este “ir e vir” proporcionaria resiliência para as espécies, demonstrando um comportamento sustentável. Os sambaquis onde ocorrem as duas espécies na Baía da Babitonga, se encontram em áreas de nichos ecológicos, atualmente locais antropizados, portanto, através da cultura material encontrada podemos contribuir com a percepção dos espaços marinhos prioritários para as pesquisas de uso do solo na atualidade e nas gestões dos recursos alimentares para o futuro da humanidade.