A importância da pesquisa na formação e trabalho do professor não é recente. A expressão professor-pesquisador surgiu em 1975, na Inglaterra, com Stenhouse. Ele incentivava que o professor se utilizasse da pesquisa como um elemento didático, pois a única maneira de construir/produzir conhecimentos, na sua compreensão, é por meio da investigação. Pensando na importância da pesquisa na formação e no trabalho dos professores mestres e/ou doutores que atuam na educação básica em Joinville - SC a presente pesquisa teve como objetivo elucidar os principais desafios enfrentados por esses profissionais no dia a dia da sua profissão acerca do desenvolvimento da pesquisa na educação básica. De abordagem qualitativa, a produção de dados se deu em duas etapas: entrevista semiestruturada e grupos de discussão. Como participantes tivemos trinta professores mestres e ou doutores que atuam nas três etapas da educação básica, em instituições privadas e públicas da Rede Municipal de Joinville- Santa Catarina. A análise de dados se deu por meio da análise de conteúdo de Bardin (1977). Os principais autores de suporte teórico foram: Gatti (2012, 2013), Lüdke (2009, 2010), Rausch (2010, 2012) e André (2002). Podemos afirmar que são muitos os desafios enfrentados pelos professores acerca do desenvolvimento da pesquisa na Educação Básica, sendo os principais: excesso de conteúdos; apoio da gestão e redes de ensino; financiamento da pesquisa; formação continuada; tempo; valorização e condições de trabalho. Além desses, a pandemia Covid-19 e a realização das pesquisas nesse contexto, trouxe na narrativa dos professores variância nas compreensões e impactos sofridos nesse período, mostrando perspectivas diferentes relacionadas ao contexto de trabalho, levando em consideração a faixa etária, etapa de ensino e contexto sócio-econômico da instituição de trabalho. Desta forma, a pesquisa evidencia os desafios do trabalho docente, que impactam às práticas e vão ao encontro às concepções de pesquisa dos professores. Os resultados obtidos, visam contribuir com as reflexões sobre a formação e trabalho docente, especialmente acerca do professor-pesquisador e da realização de pesquisas na Educação Básica. Cabe, ainda, destacar que, quando o profissional da educação não é valorizado, e não recebe o apoio necessário, sua demanda escolar é subestimada, faltando assim as condições básicas para se fazer pesquisa. Por outro lado, mesmo diante a tantos desafios, há escolas e professores nos três níveis de ensino realizando pesquisas na Educação Básica.