O estudo realizado apresenta a utilização de Artemia salina como organismo teste para ensaio de toxicidade aguda na região portuária do estuário da baía da Babitonga no litoral norte de Santa Catarina. Como metodologia definiu-se 4 pontos de amostragem no entorno do Porto, considerando um dos principais conflitos de uso da água dessa região: a atividade de maricultura. As coletas seguiram as recomendações de (APHA, 1998) e os ensaios foram realizados de acordo com a norma L05.021/87 da CETESB para teste de toxicidade aguda com Artemia salina em água do mar. Os resultados foram analisados pelo método dos probitos com o software EPA PROBIT ANALYSIS e comparados com dados pretéritos de análises químicas da região. O estudo mostrou que a região possui toxicidade aguda para Artemia salina nos 4 pontos avaliados em um tempo de 48 horas com valores de CL₅₀ de 41,52%, 36,94%, 57,70% e 16,67% para a Praia do Paulas, Praia do Rosa, Porto e Ilha do Ferreira, respectivamente, o que corrobora com os dados de análises químicas existentes da área para Chumbo, Arsênio, Cádmio, Cromo, Cobre, Mercúrio, Níquel e Zinco, apontando para a necessidade de um biomonitoramento utilizando testes de toxicidade crônica para maiores inferências.