Os portunídeos são comumente encontrados em ambientes costeiros de regiões tropicais, subtropicais e temperadas. Várias espécies foram estudadas em seus aspectos biológicos, ecológicos, biogeográficos e pesqueiros; incluindo formas de pesca e exploração comercial. Entretanto, algumas espécies permanecem pouco conhecidas, como é o caso do gênero Callinectes no Brasil. O objetivo deste trabalho foi estudar a ocorrência de portunídeos em três áreas de pesca na baía da Babitonga ao longo de um ano, em conjunto com as variações da densidade planctônica, concentração de clorofila a, porcentagens de carbonato de cálcio e matéria orgânica no sedimento e parâmetros físico-químicos da água (pH, oxigênio dissolvido, temperatura, salinidade e condutividade). Coletas mensais foram realizadas nas proximidades das ilhas do Alvarenga, da Rita e do Mel. Na coleta de portunídeos foram utilizados puçás. Os exemplares foram identificados e determinados o sexo, a largura do cefalotórax, o peso e a fase de desenvolvimento gonadal. Amostras de zooplâncton foram obtidas com arrastos de rede cônica para plâncton e de clorofila a por filtração e fluorimetria. Amostras sedimentológicas foram coletadas com um pegador do tipo Petersen para determinar as porcentagens de CaCO₃ e M.O. Foram registrados os parâmetros físico-químicos da água com um multianalisador Horiba. Os valores médios dos parâmetros da água foram relativamente homogêneos, com pequena variação entre as áreas. A concentração de M.O. no sedimento foi constante nas áreas, mas a de CaCO₃ aumentou nas ilhas do Mel e do Alvarenga. As concentrações similares de matéria orgânica ocorreram devido às áreas de pesca se localizarem próximas a baixios de maré, onde partículas em suspensão tendem a se depositar em maior quantidade. A maior concentração de carbonato de cálcio nas ilhas do Mel e da Rita ocorreu pela presença de restos de conchas em áreas ocupadas pelo mitilídeo Mytella charruana. O biovolume zooplanctônico e a clorofila a foram em geral maiores na ilha do Alvarenga e da Rita, respectivamente. Foram coletados 494 portunídeos, todos identificados como Callinectes danae, principal espécie capturada com puçás, sendo que o maior número de indivíduos foi coletado na ilha do Alvarenga. Os resultados obtidos nas amostragens corroboram as informações obtidas com os pescadores, ou seja, de que o siri mais capturado é C. danae. Segundo a estimativa dos pescadores, cerca de 100.000 indivíduos são capturados ao mês. A partir dos resultados sugere-se a realização de trabalhos futuros que envolvam diferentes métodos de captura e a obtenção de dados da plataforma adjacente.